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干血斑（DBS）是临床检测和新生儿筛查中已广泛确立的微量样本形式。然而，其在深度蛋白质组学中的应用受到血液中高丰度蛋白以及滤纸基质中蛋白回收效率低下的限制。针对非特异性吸附于DBS中的蛋白进行非靶向分析的NANDA流程，在一定程度上克服了高丰度血液蛋白的影响，并已实现从DBS样本中鉴定出超过5,000种蛋白。然而，残余的高丰度蛋白，包括血红蛋白和纤维蛋白原，仍然限制着深度蛋白质组分析。因此，本研究旨在评估金属螯合剂乙二胺四乙酸（EDTA）对DBS蛋白质组分析深度的影响。 经优化的EDTA增强型NANDA方案引入了100 mM EDTA洗涤步骤，与标准DBS采集程序兼容，且无需修改现有临床工作流程，能够显著增强高丰度蛋白的去除效果，并有利于其在临床和转化研究中的潜在应用。该方法与Orbitrap Astral数据非依赖采集质谱联用时，可实现对DBS样本中超过7,000种蛋白的一次进样鉴定；据我们所知，这代表了迄今为止已报道的最深蛋白质组覆盖度，同时该流程还支持高通量且高度可重复的分析。此外，其在小鼠疾病模型中的应用表明，仅需极少量血液即可揭示疾病特异性的系统性免疫特征。总体而言，这些结果确立了EDTA增强型NANDA作为一种实用且可扩展的流程，能够克服DBS蛋白质组学长期存在的局限性，从而在多种生物学和实验背景下实现深度、高通量、微创的蛋白质组学分析。
干血斑（dried blood spots，DBS）是已广泛确立的微量样本，应用于临床检测和新生儿筛查。然而，由于血液中高丰度蛋白的干扰以及滤纸基质中蛋白回收效率低，其在深度蛋白质组学中的应用受到限制。针对非特异性吸附于DBS中的蛋白进行非靶向分析的工作流程（non-targeted analysis of non-specifically DBS-absorbed proteins，NANDA）在一定程度上克服了高丰度血液蛋白的影响，并已实现从DBS样本中鉴定出超过5,000种蛋白。然而，残余高丰度蛋白（包括血红蛋白和纤维蛋白原）仍然制约着深度蛋白质组分析。因此，本研究旨在评估金属螯合剂乙二胺四乙酸（EDTA）对DBS蛋白质组分析深度的影响。经优化的EDTA增强型NANDA方案引入了100 mM EDTA洗涤步骤，与标准DBS采集流程兼容，且无需修改当前临床工作流程，显著增强了高丰度蛋白的去除效果，并促进了其在临床和转化研究环境中的潜在应用。结合Orbitrap Astral数据非依赖采集质谱技术后，该方法实现了对DBS样本中超过7,000种蛋白的单次进样鉴定；据我们所知，这代表了迄今为止报道的最深蛋白质组覆盖度，并且该工作流程还支持高通量和高重复性的分析。此外，将其应用于小鼠疾病模型时，该方法能够从极少量血液样本中揭示疾病特异性的全身免疫特征。总体而言，这些结果确立了EDTA增强型NANDA作为一种实用且可扩展的工作流程，能够克服DBS蛋白质组学长期存在的局限性，从而在多种生物学和实验背景下实现深度、高通量、微创的蛋白质组图谱分析。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.13.738354v1?rss=1
🏷️ 干血斑 深度蛋白质组学 EDTA洗涤 高丰度蛋白去除 质谱分析 小鼠疾病模型