- 4 次围观
海洋光合微生物对全球初级生产有重要贡献，然而，许多藻类谱系仍缺乏具备足够连续性和注释质量的参考基因组，难以支撑精细尺度的结构、调控及比较分析。小奥斯特雷球藻（Ostreococcus tauri）是目前已知最小的自由生活光合真核生物之一，二十多年来一直是模式海洋微型真核生物。尽管其历史参考基因组经历了持续改进，先前的组装版本仍保留了数百个缺口和不完整基因，阻碍了高分辨率基因组分析。在此，我们发布小奥斯特雷球藻 RCC4221 基因组 2026 版，即一个覆盖全部 20 条染色体、从端粒到端粒的组装版本，全长 13.34 Mb，且不存在任何缺口。该组装结合了 PacBio 长读长测序、Illumina 短读长校正，以及在独立 Nanopore 组装指导下对未解析区域进行的修正。更新后的参考基因组支持一套经人工整理的注释，包括 7,683 个蛋白编码基因、48 个 tRNA 基因、3 个 rRNA 操纵子、116 个中等长度非编码 RNA、1 个信号识别颗粒 RNA 以及 138 个小核仁 RNA。该版本还提升了基因模型的完整性，并恢复了 2014 年参考基因组中缺失的候选编码位点。结构分析解析了两条非典型低 GC 染色体——2 号和 19 号染色体——的组织结构，它们包含在先前组装中被折叠或错误表征的重复区域。最后，重亚硫酸盐测序和 PacBio SMRT 测序揭示了双重 DNA 甲基化图谱：CG 背景下的胞嘧啶甲基化主要集中于基因体内，而 N6-甲基腺嘌呤（m6A）则富集于起始密码子处。更新后的小奥斯特雷球藻 2026 版组装为这一模式海洋微型真核生物的染色体生物学、比较基因组学、表观基因组学和 RNA 生物学研究提供了完整且经过整理的参考资源。
Ostreococcus tauri RCC4221 的无缺口端粒到端粒参考基因组及中等大小 ncRNA 的扩展注释 | bioRxiv
跳转至主要内容
首页 关于 提交 提醒 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 最新结果
Ostreococcus tauri RCC4221 的无缺口端粒到端粒参考基因组及中等大小 ncRNA 的扩展注释
Gaokang Liu，Laurie Bousquet V，Helene Mayeur，Eric Manirakiza，Vladimir Daric，Christophe Klopp，Celine Noirot，David Lopez-Escardo，Nigel H Grimsley，Sheree Yau，Marc Krasovec，Manuel Echeverria，Gwenael PIGANEAU
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737489
通讯作者： gwenael.piganeau{at}obs-banyuls.fr
摘要
海洋光合微生物对全球初级生产具有重要贡献，然而许多藻类谱系仍缺乏在连续性和注释质量上足以支持精细结构、调控及比较分析的参考基因组。Ostreococcus tauri 是目前已知最小的自由生活光合真核生物之一，二十多年来一直是海洋微型真核藻类的模式生物。尽管其历史参考基因组历经多次改进，先前的组装版持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
返回顶部 上一篇 下一篇
发布于 2026 年 7 月 14 日。 下载 PDF 电子邮件
感谢您有意帮助传播 bioRxiv 的内容。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送给 * 可在单独的行中输入多个地址，或用逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容： Ostreococcus tauri RCC4221 的无缺口端粒到端粒参考基因组及中等大小 ncRNA 的扩展注释
邮件主题 （您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您
邮件正文 （您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的这个页面。
您的个人留言
验证码 此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动垃圾信息提交。
分享
Ostreococcus tauri RCC4221 的无缺口端粒到端粒参考基因组及中等大小 ncRNA 的扩展注释
Gaokang Liu，Laurie Bousquet V，Helene Mayeur，Eric Manirakiza，Vladimir Daric，Christophe Klopp，Celine Noirot，David Lopez-Escardo，Nigel H Grimsley，Sheree Yau，Marc Krasovec，Manuel Echeverria，Gwenael PIGANEAU
bioRxiv 2026.07.10.737489； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737489
分享本文： 复制
引文工具
Ostreococcus tauri RCC4221 的无缺口端粒到端粒参考基因组及中等大小 ncRNA 的扩展注释
Gaokang Liu，Laurie Bousquet V，Helene Mayeur，Eric Manirakiza，Vladimir Daric，Christophe Klopp，Celine Noirot，David Lopez-Escardo，Nigel H Grimsley，Sheree Yau，Marc Krasovec，Manuel Echeverria，Gwenael PIGANEAU
bioRxiv 2026.07.10.737489； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737489
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.10.737489v1?rss=1
🏷️ 端粒到端粒基因组 参考基因组组装 非编码RNA注释 表观基因组学 海洋微藻