同义密码子使用在哺乳动物中对 m⁶A RRACH 基序存在偏向性选择与排斥性选择

RNA在N-腺苷位点（mA）的甲基化主要发生于RRACH基序内，然而，塑造编码区中这些基序的作用力仍不明确。本文表明，能够形成或破坏RRACH位点的同义密码子组合在哺乳动物中呈现非随机使用模式。通过对来自261个物种的13,491个蛋白编码基因进行分析，我们鉴定出在RRACH基序上显著富集或缺失的基因，这一模式与基因特异性地选择促进或避免mA潜能相一致。RRACH位点富集的基因与类泛素缀合及细胞周期调控相关，而跨膜基因和HOX基因则缺乏RRACH，这很可能反映了其序列与CpG二核苷酸之间的不相容性。与缺乏mRNA mA甲基化的秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）进行跨物种比较显示，RRACH频率呈相反模式；如果这些基序在具有mA能力的基因组中受到选择，而在缺乏这一约束时自由演化，则这一结果正如预期。 在密码子水平上，特定氨基酸对，尤其是以苏氨酸结尾的二联体，更倾向于使用能够形成RRACH的密码子，而其他氨基酸对则表现为缺失，这表明同义密码子的选择在促进或避免基序形成方面存在偏倚。RRACH基序沿编码序列的分布同样呈非随机性，在起始密码子附近缺失，而在靠近3'端区域富集，这与已知的mA分布特征一致。最后，对癌症突变的分析揭示了RRACH位点在组织特异性层面上的获得与丢失，反映出甲基化潜能在不同背景下的重塑。 综上，这些结果表明，同义密码子使用在系统性地偏向于促进或避免mA RRACH基序，提示遗传密码与表转录组景观之间存在进化上的耦联关系。

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RNA 在 N⁶-腺苷（m⁶A）位点的甲基化主要发生于 RRACH 基序内，然而塑造编码区中这些基序的作用力仍不明确。持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。

本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议发布。

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发布于 2026 年 7 月 14 日。

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哺乳动物中同义密码子使用对 m⁶A RRACH 基序的促进与回避存在偏倚

Leo D Creasey， Eran Tauber

bioRxiv 2026.07.09.737571； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.09.737571

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哺乳动物中同义密码子使用对 m⁶A RRACH 基序的促进与回避存在偏倚

Leo D Creasey， Eran Tauber

bioRxiv 2026.07.09.737571； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.09.737571

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.09.737571v1?rss=1

🏷️ m6A甲基化 RRACH基序 同义密码子偏倚 哺乳动物进化 表转录组