elDORS：增强型 RNA 序列数据库

大规模且高度整合的序列数据库彻底改变了计算蛋白质结构预测。由于缺乏整合性的序列资源，RNA 领域的发展相对滞后。为弥补这一缺口，我们开发了 elDORS_raw，该数据库包含最新的序列信息，包括近期的宏基因组和转录组序列数据。我们进一步优化得到一个按 80% 序列一致性聚类的版本，命名为 elDORS，用于配合 RNAcmap3 的多序列比对（MSA）分拆策略以及广泛使用的 rMSA 流水线。 我们的基准测试表明，使用 elDORS 增强的 MSA 流水线在不同查询任务中——包括盲测 CASP 挑战——所获得的比对深度可与大规模传统数据库相当或更优，并有效消除了困扰孤儿 RNA 的序列检索失败问题。为支持同源性搜索、RNA 性质预测、新模型训练及其他下游任务，elDORS 可免费获取。

qvicens{at}uh.edu

摘要 信息/历史 指标 补充材料 数据/代码 预览 PDF

摘要

大规模且高度整合的序列数据库已经彻底改变了计算蛋白质结构预测。由于缺乏整合的序列资源，RNA 领域的发展相对滞后。为弥补这一差距，我们开发了 elDORS_raw，该数据库包含最新的序列信息，包括近期的宏基因组和转录组序列数据。我们进一步优化了一个按 80% 序列一致性聚类的版持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议 开放获取。

返回顶部 上一篇 下一篇

发布于 2026 年 7 月 14 日。 下载 PDF

补充材料 数据/代码 电子邮件

感谢您有意帮助传播 bioRxiv。 您的电子邮件 *

您的姓名 *

发送给 *

请输入多个地址，每行一个，或用逗号分隔。

您将要发送以下内容的电子邮件： elDORS：增强型 RNA 序列数据库

邮件主题

（您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您

邮件正文

（您的姓名）认为您会希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。

您的个人留言

验证码

此问题用于测试您是否为人类访客，并防止自动垃圾信息提交。

分享

elDORS：增强型 RNA 序列数据库

Nivedita Dutta ， Quentin Vicens

bioRxiv 2026.07.10.737016； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737016

分享本文： 复制

引文工具

elDORS：增强型 RNA 序列数据库

Nivedita Dutta ， Quentin Vicens

bioRxiv 2026.07.10.737016； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737016

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.10.737016v1?rss=1

🏷️ RNA序列数据库 多序列比对 同源性搜索 宏基因组数据 转录组数据 RNA结构预测