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OXA-48 碳青霉烯酶是肠杆菌目细菌中最广泛传播且最重要的耐药机制之一。然而，采用常规流程检测碳青霉烯酶通常需要进行额外检测，从而延迟治疗方案的优化以及感染控制措施的实施。在此，我们提出一种机器学习方法，可直接从用于物种鉴定的常规 MALDI-TOF 光谱中识别保守的 pOXA-48 质粒。该模型在两个独立的医院队列和仪器平台中，对 pOXA-48 携带菌的检测 AUROC 达到 0.96–0.98，表明其具有近乎完美的判别能力。通过自下而上蛋白质组学、质粒接合和质粒消除实验，我们将具有判别性的 MALDI-TOF 光谱特征与 pOXA-48 编码的蛋白质联系起来，其中含 DUF1496 结构域的蛋白产生了最具判别性的光谱特征。我们的方法将耐药性预测任务从推断耐药表型重新定义为通过其表达的蛋白质组学特征检测保守质粒，并有望推动基于 MALDI-TOF MS 的快速诊断在广泛质粒介导耐药决定因子检测中的应用。
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机器学习引导发现保守性质粒蛋白质组学特征，实现基于 MALDI-TOF MS 的 pOXA-48 携带型肠杆菌目细菌检测
查看 ORCID 档案 Janko Sattler， Johannes Bruno Mueller-Reif， Dexiong Chen， Julian Sommer， Lucas Miranda， Juliette Murris， Till Hendrik Schulz， Yukino Guetlin， Janis Rogenmoser， Peter Vilmos Treit， Thomas Pichl， Ela Sauerborn， Helena M.B Seth-Smith， Tim Roloff， Stephan Goettig， Jonathan Jantsch， Andreas Friedrich Wendel， Jacob Moran-Gilad， Matthias Mann， Axel Hamprecht， Adrian Egli， Karsten Borgwardt
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.12.738056
Janko Sattler 1 马克斯·普朗克生物化学研究所； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 7 月 13 日。
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Janko Sattler， Johannes Bruno Mueller-Reif， Dexiong Chen， Julian Sommer， Lucas Miranda， Juliette Murris， Till Hendrik Schulz， Yukino Guetlin， Janis Rogenmoser， Peter Vilmos Treit， Thomas Pichl， Ela Sauerborn， Helena M.B Seth-Smith， Tim Roloff， Stephan Goettig， Jonathan Jantsch， Andreas Friedrich Wendel， Jacob Moran-Gilad， Matthias Mann， Axel Hamprecht， Adrian Egli， Karsten Borgwardt
bioRxiv 2026.07.12.738056； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.12.738056
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机器学习引导发现保守性质粒蛋白质组学特征，实现基于 MALDI-TOF MS 的 pOXA-48 携带型肠杆菌目细菌检测
Janko Sattler， Johannes Bruno Mueller-Reif， Dexiong Chen， Julian Sommer， Lucas Miranda， Juliette Murris， Till Hendrik Schulz， Yukino Guetlin， Janis Rogenmoser， Peter Vilmos Treit， Thomas Pichl， Ela Sauerborn， Helena M.B Seth-Smith， Tim Roloff， Stephan Goettig， Jonathan Jantsch， Andreas Friedrich Wendel， Jacob Moran-Gilad， Matthias Mann， Axel Hamprecht， Adrian Egli， Karsten Borgwardt
bioRxiv 2026.07.12.738056； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.12.738056
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.12.738056v1?rss=1
🏷️ 机器学习 MALDI-TOF质谱 质粒检测 碳青霉烯酶耐药 肠杆菌目 蛋白质组学