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动机：现有的泛基因组文件格式是为批处理而设计的。图必须加载到内存中，而比对文件必须按顺序读取。可直接从磁盘使用的索引文件格式将更适用于交互式应用。 结果：我们提出了 GBZ-base 和 GAF-base——由 SQLite 支持的文件格式，可与 GBZ 和 GAF 相媲美。GBZ-base 支持高效提取局部子图，而 GAF-base 使我们能够提取到该子图的所有比对结果。此外，GAF-base 比任何其他序列到图比对文件格式都更小。 可获得性与实现：https://github.com/jltsiren/gbz-base 和 https://crates.io/crates/gbz-base，采用 MIT 许可。
加州大学圣克鲁兹分校
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摘要
动机：现有的泛基因组文件格式是为批处理设计的。图必须加载到内存中，而比对文件必须按顺序读取。可直接从磁盘使用的索引文件格式更适合交互式应用。
结果：我们提出了 GBZ-base 和 GAF-base，这两种基于 SQLite 的文件格式分别可与 GBZ 和 GAF 对应。GBZ-base 支持高效提取局部子图，GAF-base 则使我们能够提取该子图的所有比对。此外，GAF-base 比任何其他用于序列到图比对的文件格式都更小。
可用性和实现：在 MIT 许可下，见 https://github.com/jltsiren/gbz-base 和 https://crates.io/crates/gbz-base。 利益冲突声明 作者已声明不存在利益冲突。 脚注 https://github.com/jltsiren/gbz-base 资助信息声明 美国国立卫生研究院， https://ror.org/01cwqze88 ，R01HG014490 ，U01HG010961 ，U01CA309342 版权 持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本内容依据 CC-BY 4.0 International license 提供。 返回顶部 上一页 下一页 发表于 2026 年 7 月 11 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件 感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的信息。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 可在不同地址各占一行输入多个地址，或用逗号分隔。 您将发送以下内容至电子邮件 GBZ-base 和 GAF-base：索引化泛基因组文件格式 消息主题 （您的姓名）向您转发了 bioRxiv 上的一个页面 消息正文 （您的姓名）认为您会想查看 bioRxiv 网站上的此页面。 您的个人消息 验证码 此问题用于测试您是否为人类访问者，并防止自动垃圾邮件提交。 分享 GBZ-base 和 GAF-base：索引化泛基因组文件格式 Jouni Sirén ， Benedict Paten ， 人类泛基因组参考联盟 bioRxiv 2026.07.10.737775； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737775 分享本文： 复制 引文工具 GBZ-base 和 GAF-base：索引化泛基因组文件格式 Jouni Sirén ， Benedict Paten ， 人类泛基因组参考联盟 bioRxiv 2026.07.10.737775； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737775
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