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化脓性链球菌（Streptococcus pyogenes）是一种在全球范围内具有重要意义的病原体，每年至少导致50万人死亡，并给医疗卫生系统带来沉重负担。它是多种疾病的致病因子，所致疾病范围从脓疱病和链球菌性咽喉炎，到败血症和坏死性筋膜炎不等。结合流行病学数据，对遗传相关性进行评估以检测社区或医疗机构内的暴发事件，对于减少化脓性链球菌在这些环境中的传播至关重要。随着每年测序分离株数量的持续增加，参考实验室及国际合作对于评估遗传相关性的方法提出了更高要求，需要采用更具可扩展性且便于共享的方法。应用于核心基因组多位点序列分型（cgMLST）的LIN编码是一种可扩展至大规模全基因组测序（WGS）的方法，同时仍具有足够的敏感性以检测暴发簇群。在此，我们提出一种由PubMLST托管的新型cgMLST和LIN编码方案，可促进国际合作和变异株的全球追踪，且具有高度可扩展性并适用于广泛用户。相关方案可见于：https://pubmlst.org/organisms/streptococcus-pyogenes。
用于暴发检测的高分辨率化脓性链球菌核心基因组MLST与LIN编码方案 | bioRxiv
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Kartyk Moganeradj
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737715
Yan Ryan 1 UKHSA； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
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发布于 2026 年 7 月 11 日。
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用于暴发检测的高分辨率化脓性链球菌核心基因组MLST与LIN编码方案
Yan Ryan， Keith A Jolley， Henry Hearn， Kasia Maria Parfitt， Steven Platt， Theresa Lamagni， Kartyk Moganeradj
bioRxiv 2026.07.10.737715； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737715
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用于暴发检测的高分辨率化脓性链球菌核心基因组MLST与LIN编码方案
Yan Ryan， Keith A Jolley， Henry Hearn， Kasia Maria Parfitt， Steven Platt， Theresa Lamagni， Kartyk Moganeradj
bioRxiv 2026.07.10.737715； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.10.737715
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.10.737715v1?rss=1
🏷️ 化脓性链球菌 核心基因组MLST LIN编码 暴发检测 全基因组测序 分子流行病学