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功能未知蛋白代表了我们对生物过程理解中的一个重要缺口，涵盖了许多生物体蛋白质组的大部分区域，尤其是原核生物。弥补这一缺口对于理解此类生物体的生物学特性和致病性至关重要。我们提出了 ProtPen，这是一种开源流程，通过将基于序列注释的 eggNOG-mapper 与利用 AlphaFold 预测蛋白结构进行快速结构相似性搜索的 Foldseek 相结合，促进蛋白功能预测。来自这两种工具的注释结果会被整合，并通过 UniProt 元数据加以丰富，从而生成适用于下游分析的综合输出。该流程仅需一个带有 UniProt 标识符的 FASTA 输入文件，并被设计用于分析全蛋白质组规模的数据集。在一个经过整理的、特征明确的铜绿假单胞菌蛋白数据集上的基准测试表明，其注释准确率超过 90%，并突出了基于序列与基于结构方法的互补性。对 ProtPen 的进一步评估包括将其应用于具有生物学相关性的数据集，其中包括在铜绿假单胞菌蛋白质组学数据集中表现出显著差异丰度的功能未知蛋白，以及来自 Haloferax volcanii 的未表征糖蛋白。ProtPen 还可方便地扩展，以纳入更多蛋白功能预测工具。总之，该流程有助于对蛋白质组学数据集和全蛋白质组中的功能未知蛋白进行系统性注释。
ProtPen 结合基于序列和基于结构的方法，以促进在全蛋白组尺度上的蛋白质功能预测 | bioRxiv
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ProtPen 结合基于序列和基于结构的方法，以促进在全蛋白组尺度上的蛋白质功能预测
查看 ORCID 个人主页 Diya Mathai ， 查看 ORCID 个人主页 Stefan Schulze doi: https://doi.org/10.64898/2026.07.11.737882
Diya Mathai 罗切斯特理工学院 在 Google Scholar 中查找该作者 在 PubMed 中查找该作者 在持有者为作者/资助方；其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本预印本依据 CC-BY-ND 4.0 国际许可 发布。
返回顶部 上一篇 下一篇 发表于 2026 年 7 月 11 日。
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Diya Mathai ， Stefan Schulze bioRxiv 2026.07.11.737882； doi: https://doi.org/10.64898/2026.07.11.737882
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🏷️ 蛋白质功能预测 蛋白质组注释 序列与结构整合 AlphaFold Foldseek