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转录因子（TFs）识别短而退化的 DNA 基序，这些基序在整个基因组中出现数千次，这表明其结合特异性不仅取决于 DNA 序列，也取决于细胞环境，包括选择性的蛋白质-蛋白质相互作用。在此，我们检验了某一 TF 在物理 TF 相互作用网络中的嵌入程度，是否能够预测其 DNA 结合基序的退化性。我们使用了 279 个 *Drosophila melanogaster* TF，这些 TF 具有匹配的 JASPAR 位置权重矩阵、FlyBase 表达谱，以及仅基于 STRING v12.0 中实验和人工整理数据库证据构建的物理蛋白相互作用网络；据此量化了每个 TF 的 TF-module fraction，并将其与在独立构建的 18 Mb 基因组样本上全基因组预测的结合位点密度进行比较。在控制基序信息含量、网络度数和文献偏倚后，TF module fraction 与结合位点密度之间呈显著正相关（偏相关系数 r = 0.379，P = 5.6e-11）。在排除 homeodomain 家族、加入基序架构控制变量并采用多种稳健性分析后，该关系仍然显著，包括家族聚类自助法和对离群值不敏感的相关性检验。与这些结果一致，TF 形成了一个高度互联的物理相互作用网络，其程度远超与度数匹配的随机期望。综合而言，这些结果支持一种模型，即 DNA 识别特异性与蛋白质相互作用特异性是 TF 靶向性的互补组成部分：嵌入 TF 富集相互作用模块中的 TF 往往具有更退化的 DNA 结合基序，而广泛作用的网络泛化型 TF 则依赖于信息量更高的序列识别。我们还识别并校正了一种依赖基序长度的阈值化伪影，它可能在全基因组基序分析中掩盖这一关系。
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果蝇（*Drosophila melanogaster*）转录因子中互作组专属性可预测全基因组结合位点的简并性
Arun Ponnambalam，Krishnan Venkiteswaran Pottore
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.08.737203
Arun Ponnambalam 1 srmist-ktr； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-ND 4.0 国际许可协议 提供。
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发表于 2026 年 7 月 11 日。
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Arun Ponnambalam，Krishnan Venkiteswaran Pottore bioRxiv 2026.07.08.737203； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.08.737203
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Arun Ponnambalam，Krishnan Venkiteswaran Pottore bioRxiv 2026.07.08.737203； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.08.737203
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.08.737203v1?rss=1
🏷️ 转录因子 蛋白质相互作用网络 DNA结合基序 果蝇 全基因组结合位点 互作组特化性