move2生态系统的实用工具包:move2utils

root 提交于 周日, 07/12/2026 - 00:47
1. 在种群尺度上研究动物运动,需要一个稳定、现代的软件基础设施。在 R 环境中,传统的 move 包在十余年间一直提供这一基础设施,但其所依赖的 sp/rgeos 底层框架现已退出使用。其后继包 move2 刻意将其功能范围限定于数据类以及核心 movebank API 功能。 2. move 的分析工具体系,即动态 Brownian bridge 利用分布、其方向性双变量高斯变体、廊道分割以及沿轨迹抽稀,仍有待迁移至现代的 sf/terra 技术栈。 3. 我们提出了 move2utils——一个完成并补充这一转型的 R 包。move2utils 提供了 move 分析函数的 move2 原生移植版本,在相关实现存在时保留原有的 C 内核,并替换了其周围已弃用的空间支撑框架。此外,它还将部分基于 R 的传统代码移植为速度更快的 C 内核,以提升计算性能。move2utils 还提供了新的离群值检测方法,其详细描述见配套论文。 4. 该软件包为开源软件(GPL[≥]3),在 MPCDF GitLab 上开发,并在 GitHub 上镜像以供公众安装;同时附带使用说明文档和经 CI 测试的检查套件。我们通过真实追踪数据和合成数据集上的一个完整示例对其进行了说明。

1. 在种群尺度上研究动物运动,需要一个稳定、现代的软件基础设施。在 R 环境中,传统的 move 包在十余年间一直提供这一基础,但其基于 sp/rgeos 的底层架构已被弃用。其后继包 move2 则有意将其范围限定于数据类以及 movebank API 的核心函数。

2. move 的分析机制,即动态布朗桥利用分布、其方向性二元高斯变体、廊道分割以及沿轨迹抽稀,仍有待迁移到现代的 sf/terra 技术栈之上。

3. 我们提出 move2utils,这是一个完成并补充这一转型的 R 包。move2utils 提供了 move 分析函数的、原生兼容 move2 的移植版本,在原有 C 内核存在的情况下予以保留,并替换了其周围已弃用的空间支撑框架。此外,它还将部分传统的基于 R 的代码移植为更快的 C 内核,以提高计算速度。move2utils 还提供了一种新的离群值检测方法,其细节已在配套论文中进行了详细描述。

4. 该软件包为开源软件(GPL≥3),在 MPCDF GitLab 上开发,并镜像至 GitHub 以供公众安装,同时附带使用手册(vignettes)和经 CI 测试的检查套件。我们通过一个基于真实追踪数据和合成数据集的完整示例对其进行了说明。

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