肉鸡生产各阶段气管微生物组的时序发育特征

呼吸道微生物组在家禽健康、免疫调节和病原体抵抗中发挥重要作用，然而其在肉鸡生产周期中的发育过程仍知之甚少。本研究考察了肉鸡不同生产阶段气管微生物组的时间性变化。在雏鸡期（第12天）、育成期（第21天）、育肥前期（第26天）和育肥后期（第35天）采集气管样本，并采用16S核糖体RNA基因测序进行分析。气管微生物的丰富度、多样性、群落结构和分类组成在肉鸡生产阶段间发生了显著变化，涉及雏鸡期、育成期、育肥前期和育肥后期等饲养阶段。 Alpha多样性在整个生产过程中逐步增加，在后期阶段中，丰富度、多样性和系统发育多样性均显著升高。Beta多样性分析显示，每个生产阶段均具有独特的微生物群落，其中雏鸡期样本与后续阶段明显分离。分类学分析表明，在雏鸡期和育成期，变形菌门占优势；其中，雏鸡期富集了Methylobacterium-Methylorubrum和Pseudomonas，育成期则富集了Escherichia-Shigella。相比之下，育肥阶段的变形菌门丰度降低，而厚壁菌门和放线菌门丰度增加，包括Lactobacillus、Ligilactobacillus、Faecalibacterium、Streptococcus、Staphylococcus、Romboutsia和Corynebacterium。 总体而言，气管微生物组经历了逐步成熟的过程，由以变形菌门为主导的群落转变为更加多样、复杂且富含厚壁菌门的生态系统。这些发现为肉鸡呼吸道微生物组的发育提供了新的见解，并可能为改善家禽呼吸道健康的策略提供支持。由于日粮转换与日龄增长同时发生，因此观察到的微生物组变化应解释为与生产阶段相关的变化，而非日粮特异性效应。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.11.737896v1?rss=1

🏷️ 肉鸡 气管微生物组 时序发育 16S rRNA测序 呼吸道菌群