“同一健康”基因组监测揭示了结构化的城市狂犬病传播及重大的监测缺口

持续存在的局部疫点仍然是消除犬介导狂犬病的障碍。维持微尺度传播的过程，尤其是在复杂城市系统中，仍知之甚少。我们应用整合的“同一健康”（One Health）基因组流行病学框架，重建了秘鲁阿雷基帕长达十年的狂犬病病毒（RABV）流行过程。通过将133份新的全基因组数据与现有数据相结合，我们构建了拉丁美洲迄今最全面的犬源RABV数据集，并利用全基因组信息支持的系统发育、系统动态学和景观分析，追溯了自2015年首次检出以来的流行过程。传播主要由一个单一谱系主导，据估计该谱系约于2012年传入，并在被检出前已传播约3年。我们发现，仅有1%–2%的感染能够被常规检出，这表明存在广泛的隐匿传播，并削弱了基于病例的指标在验证疾病清除状态方面的有效性。我们还检测到其他区域性和跨境传入事件，但其中仅有一次导致了持续传播。在阿雷基帕市内，传播呈现高度结构化特征，集中于人口稠密且社会经济条件较差的地区，并受城市连通性影响；道路和干涸水道促进了传播，而河流则起到部分屏障作用。总体而言，我们的研究结果表明，狂犬病的持续存在反映了跨空间尺度相互作用的过程，并支持采用基因组信息指导的、空间定向的监测与防控策略。

持续存在的局部疫点仍然是消除犬介导狂犬病的一大障碍。维持微尺度传播的过程，尤其是在复杂城市系统中的相关机制，仍知之甚少。我们采用整合的“同一健康”（One Health）基因组流行病学框架，重建了秘鲁阿雷基帕一场持续十年的狂犬病病毒（RABV）流行。通过将133个新的全基因组与现有数据相结合，我们构建了拉丁美洲迄今最全面的犬狂犬病病毒数据集，并利用基于全基因组信息的系统发育、系统动力学和景观分析，追踪了该流行自2015年首次检出以来的发展过程。传播主要由一个单一谱系主导，估计其于2012年前后传入，并在被发现前已传播约3年。我们发现，常规监测仅能检出1–2%的感染，这表明存在广泛的隐匿传播，并削弱了基于病例的指标在验证疾病清除状态方面的可靠性。我们还检测到其他区域性及跨境传入事件，但其中仅有一次导致了持续传播。在阿雷基帕市内，传播呈现出高度结构化特征，主要集中于人口稠密且社会经济条件较差的地区，并受到城市连通性的影响：道路和干涸水道促进传播，而河流则构成部分屏障。总体而言，我们的研究结果表明，狂犬病的持续存在反映了跨空间尺度相互作用的多种过程，并支持采用基因组信息指导的、空间定向的监测与控制策略。

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