通过晶体学片段筛选和高通量生化筛选发现肠道病毒D68 3D聚合酶的非核苷类抑制剂

肠道病毒D68型（EV-D68）是一种非脊髓灰质炎小核糖核酸病毒，本世纪以来已在全球范围内导致儿童严重呼吸系统疾病和急性弛缓性脊髓炎发病率不断上升。目前尚无获批用于EV-D68的疫苗或抗病毒药物。因此，我们针对EV-D68 RNA依赖性RNA聚合酶3D（3Dpol）开展了晶体学片段筛选（CFS）和高通量筛选（HTS）生化测定，以鉴定可成药结合位点以及可引领抗肠道病毒药物发现的非核苷类化合物。 包含650个片段的CFS共鉴定出68个命中化合物（命中率约10%），这些化合物分布于3Dpol的多个区域，包括具有功能相关性的RNA模板通道、活性位点和RNA引物通道，以及此前未知的“拇指位点II”和“食指-中指口袋”。抑制实验进一步证实，结合于各个位点的化合物均可抑制EV-D68 3Dpol活性。HTS采用基于荧光的PicoGreen生化测定方法，对ChemBridge Premium Library中的50,000个化合物进行了筛选（命中率为0.77%）。经过第二轮剂量-反应筛选后，我们鉴定出5-氨基吲唑作为一种有前景的骨架，能够抑制EV-D68 3Dpol，其中包括命中到先导化合物727590，其IC50值为25 μM，并表现出初步的构效关系。这些命中化合物为非核苷类抑制剂的发现与开发提供了适宜的起始点，并为针对肠道病毒的基于结构的药物设计提供了机会。

肠道病毒D68型（EV-D68）是一种非脊髓灰质炎小核糖核酸病毒，本世纪以来已在全球范围内导致儿童严重呼吸系统疾病和急性弛缓性脊髓炎的发生率不断上升。目前尚无获批用于治疗EV-D68的疫苗或抗病毒药物。因此，我们针对EV-D68 RNA依赖的RNA聚合酶3D（3Dpol）开展了晶体学片段筛选（CFS）和高通量筛选（HTS）生化检测，以鉴定可成药结合位点和可引领抗肠道病毒药物发现的非核苷类化合物。

包含650个片段的CFS共鉴定出68个命中化合物（命中率约10%），这些化合物分布于3Dpol的多个区域，包括具有功能相关性的RNA模板通道、活性位点和RNA引物通道，以及此前未知的“拇指位点II”和“食指-中指口袋”。抑制实验进一步证实，结合于各个位点的化合物均可抑制EV-D68 3Dpol的活性。

HTS采用基于荧光的PicoGreen生化检测方法，对ChemBridge Premium Library中的50,000个化合物进行了筛选（命中率0.77%）。经过第二轮剂量-反应筛选后，我们鉴定出5-氨基吲唑作为一种有前景的骨架，可抑制EV-D68 3Dpol；其中包括命中到先导化合物727590，其IC50值为25 μM，并显示出初步的构效关系。这些命中化合物为非核苷类抑制剂的发现与开发提供了可行的起始点，并为针对肠道病毒的基于结构的药物设计提供了机会。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.09.737532v1?rss=1

🏷️ 肠道病毒D68 RNA依赖性RNA聚合酶 非核苷类抑制剂 晶体学片段筛选 高通量筛选 结构药物设计