使用改进的定量表征型光谱库增强蛋白质组相对定量

血浆蛋白质组学被用于多种应用，包括生物标志物发现、疾病监测和药物开发。数据非依赖采集（DIA）极大提升了样本中可鉴定蛋白质的广度；然而，鉴于在重现性和转化方面存在挑战，这些方法的定量性能必须可靠至关重要。全局蛋白质组学数据分析通常整合所有检测到的肽段信息。然而，由于消化过程不可重现、修饰、分析干扰或不稳定性等原因，部分肽段并不能反映其母体蛋白的丰度。我们假设，纳入这些肽段会影响蛋白质的相对定量，因此，仅包含具有定量代表性的肽段的精炼谱库能够提供更优的蛋白质定量结果。通过分析一个定义明确的多物种加标模型，我们表明，通过去除未达到质量控制指标的前体离子（占所有已鉴定前体离子的25.4%）来精炼血浆谱库，可降低噪声和变异性，在鉴定损失极小的情况下，并显著降低计算需求，使精密度、准确度和差异丰度分析最多提高约11%。这证明了一个概念验证：精炼谱库所产生的结果优先关注定量质量而非数量。该方法有望促进通用的组织特异性精炼谱库的开发，从而以简便实施和最少处理时间提升定量质量。

r.unwin{at}manchester.ac.uk

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血浆蛋白质组学被用于多种应用场景，包括生物标志物发现、疾病监测和药物开发。数据非依赖性采集（DIA）极大提升了样持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。

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发表于 2026年7月10日。 下载 PDF

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使用精炼定量型谱库增强蛋白质组相对定量

Bethany A Barnes， Haneen Alharbi， Richard Unwin

bioRxiv 2026.07.06.736793； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736793

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使用精炼定量型谱库增强蛋白质组相对定量

Bethany A Barnes， Haneen Alharbi， Richard Unwin

bioRxiv 2026.07.06.736793； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736793

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.06.736793v1?rss=1

🏷️ 蛋白质组学 DIA 谱库优化 相对定量 血浆蛋白