非洲猪瘟前后越南猪繁殖与呼吸综合征病毒2型遗传多样性的变化：多样性增加及新亚谱系出现

猪繁殖与呼吸综合征病毒2型（PRRSV-2）仍然是影响越南生猪生产最重要的跨境病原体之一；然而，在非洲猪瘟（ASF）疫情期间——这一时期生猪种群结构和流动受到严重扰动——其长期进化动态究竟受到何种影响，仍缺乏深入认识。我们通过将366条越南PRRSV-2 ORF5序列与全球整理的谱系参考数据相整合，研究了2007年至2024年间在越南传播的PRRSV-2的分子流行病学、进化历史及系统地理动态。最大似然系统发育分析、贝叶斯系统动力学分析和离散系统地理分析表明，ASF疫情之后，越南PRRSV-2种群经历了显著重塑，由此前以内源性亚谱系L8E占主导的种群，转变为由多个已确立和新近出现的亚谱系共同构成的遗传多样化病毒群落。尽管流行病学格局发生了这些变化，地方性流行的亚谱系L8E种群在ASF前后仍维持了相对稳定的进化速率，这表明ASF重塑的是病毒种群结构，而非其内在进化动力学。此前在越南和泰国传播、尚未归类的两个病毒簇满足正式命名的全部标准，并被国际PRRSV-2命名联盟认定为新的亚谱系L1M和L10B。系统地理重建进一步显示了主要亚谱系之间相互对比的传播模式，包括L8E的长期地方性持续存在、亚谱系L1M和L10B自泰国向越南的反复单向输入，以及连接东南亚与北美的亚谱系L1A的跨太平洋双向传播。总体而言，这些发现表明，ASF疫情与越南PRRSV-2流行病学格局的根本性重塑相伴发生，同时揭示东南亚是病毒持续多样化的活跃中心。本研究为PRRSV-2监测提供了更新的进化框架，并强调持续开展基因组监测和区域合作对于新发跨境变异株的早期发现与控制的重要性。

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.06.736905v1?rss=1

🏷️ PRRSV-2 分子流行病学 系统发育分析 遗传多样性 跨境传播 病毒进化