物尽其用：浅层基因组略测在茄属（茄科）多刺谱系系统学研究中的潜力

前提：基因组掠取测序（genome skimming, GS）是植物系统基因组学中一种具有成本效益的方法，但其从不同基因组组分中恢复信息性数据集的能力，尤其是全基因组范围内单核苷酸多态性（SNP）的恢复能力，在茄属（Solanum）中仍缺乏充分探索。 方法：我们评估了浅层GS在南美多刺茄属谱系系统发育推断中的应用，恢复了叶绿体、线粒体和核基因组数据集，包括编码区和全基因组范围内的SNP。采用最大似然法和共祖模型方法，并在不同SNP过滤策略下进行系统发育推断。 结果：GS成功恢复了完整叶绿体基因组、细胞器编码区以及大型SNP数据集，但未能稳定地组装线粒体基因组，也未能恢复低拷贝核基因。基于SNP的分析，尤其是基于核基因组的分析，产生了稳定且具有良好支持度的系统发育树，且在不同推断方法之间总体上一致。相比之下，编码区数据集，尤其是线粒体基因组的编码区数据集，表现出更大的拓扑不一致性，揭示了细胞质—核基因组冲突。 讨论：我们的结果表明，尽管在恢复完整线粒体基因组和低拷贝核位点方面存在局限，浅层GS仍是为茄属系统发育推断生成信息丰富SNP数据集的有效策略。基于SNP的分析显著扩展了GS在系统发育研究中的潜力，为系统学研究提供了一种实用且具有成本效益的替代方案。

前提：基因组掠测（genome skimming, GS）是植物系统基因组学中一种成本效益较高的方法，但其从不同基因组区室中恢复信息性数据集的能力，尤其是全基因组范围内单核苷酸多态性（SNP）的恢复能力，在茄属（Solanum）中仍缺乏充分探索。 方法：我们通过恢复叶绿体、线粒体和核基因组数据集，包括编码区和全基因组范围SNP，评估了浅层GS在南美洲多刺茄属谱系系统发育推断中的适用性。系统发育关系采用最大似然法和共祖模型方法在不同SNP过滤策略下进行推断。 结果：GS成功恢复了完整叶绿体基因组、细胞器编码区以及大规模SNP数据集，但未能稳定组装线粒体基因组，也未能有效恢复低拷贝核基因。基于SNP的分析，尤其是基于核基因组的分析，产生了稳定且具有良好支持度的系统发育结果，并且在不同推断方法之间总体上表现出较高一致性。相比之下，编码区数据集，尤其是线粒体基因组编码区数据集，表现出更大的拓扑不一致性，揭示了胞核冲突。 讨论：我们的结果表明，尽管在恢复完整线粒体基因组和低拷贝核位点方面存在局限，浅层GS仍然是在茄属中为系统发育推断生成信息性SNP数据集的有效策略。基于SNP的分析显著拓展了GS在系统发育研究中的应用潜力，为系统学研究提供了一种实用且具有成本效益的替代方案。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.08.737304v1?rss=1

🏷️ 浅层基因组略测 系统发育 茄属 单核苷酸多态性 细胞质-核基因组冲突