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质谱实验室必须将提交的样本列表转换为采集队列。运行顺序以及质量控制（QC）进样的位置决定了实验设计能否控制批次效应和信号漂移，以及这些效应在后续是否仍然可校正。然而，操作人员通常只能在厂商的工作列表编辑器中手工设置这些内容，而这类编辑器既不能对运行顺序进行随机化，也不提供可配置的、基于模式的QC安排。我们提出了 *qg*，这是一款开源工具，用于通过系统化的运行顺序处理来构建采集队列：提供四种运行顺序模式（无、简单、分块/随机完全区组，以及组均匀分块），支持基于模式的QC和标准品进样，并支持考虑进样器与样品板的定位方式。与止步于生成通用样本表的板设计工具不同，*qg* 能够直接写出原生厂商采集文件，覆盖三种仪器生态系统（Thermo Fisher XCalibur、Axel Semrau Chronos、Bruker HyStar），并适用于蛋白质组学、代谢组学和脂质组学。它将一个小型、无状态的生成流程与声明式配置层分离，使实验室能够通过验证型编辑器编辑版本控制的配置来适配仪器、QC模式、布局和命名，而无需修改代码。*qg* 可通过响应式Web界面或脚本化命令行界面运行，既可与实验室信息管理系统（LIMS，B-Fabric）集成，也可在上传表格后独立运行；随机化运行会记录其随机种子，并可根据导出的参数复现。在非平衡设计中，组均匀分块随机化能够将生物学分组均匀分布于整个采集时间范围内，而教材式区组随机化则会在末尾留下最大组的“尾部”，其与采集时间的相关性甚至可能比简单洗牌更差。*qg* 以 Apache-2.0 许可证发布。
qg：用于质谱分析的配置驱动、多供应商采集队列生成及可重现运行顺序与质量控制管理 | bioRxiv
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qg：用于质谱分析的配置驱动、多供应商采集队列生成及可重现运行顺序与质量控制管理
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doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.03.736300
Witold E. Wolski 苏黎世功能基因组学中心（FGCZ），苏黎世联邦理工学院与苏黎世大学，瑞士苏黎世 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本作品依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 7 月 9 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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qg：用于质谱分析的配置驱动、多供应商采集队列生成及可重现运行顺序与质量控制管理
Witold E. Wolski， Leonardo Schwarz， Christian Trachsel， Martina Zanella， Claudia Riedi， Ralph Schlapbach， Alaa Othman， Can Tuerker， Paolo Nanni， Christian Panse
bioRxiv 2026.07.03.736300； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.03.736300
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.03.736300v1?rss=1
🏷️ 质谱 采集队列生成 质量控制 随机化实验设计 实验室信息管理系统 可重现性