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类病毒颗粒（virus-like particles, VLPs）是微生物组中一种丰富的组成成分，具有关键的生态学作用，例如通过病毒捕食进行种群控制以及介导水平基因转移。通过宏基因组学研究微生物组中的病毒集合（即病毒组，virome），已为理解不同环境中VLPs的组成与功能提供了重要见解。然而，当前用于VLP纯化的金标准方法——CsCl密度梯度超速离心（CsCl）——通量低、耗时长，并且存在偏倚，这限制了在更大样本集上开展病毒组研究的能力，也可能干扰数据解释。在此，我们提出了一种基于阴离子交换（AEX）色谱的微生物组样本VLP纯化方法，该方法在实现与CsCl相当或更高的VLP纯度的同时，能够显著提高通量和重复性。 我们首先使用组成已知的微生物组样本建立并评估了AEX方法，并将其与CsCl进行比较。我们分别在快速蛋白液相色谱（FPLC）平台和多孔板形式中实现了AEX方法。我们采用鸟枪法宏基因组测序比较了经CsCl和AEX纯化的VLPs，结果发现，在VLP纯化方面，AEX的表现与CsCl相当或优于CsCl。与CsCl相比，AEX纯化得到的VLP组分捕获了显著更多的病毒DNA。我们还发现，AEX和CsCl均能够捕获相对丰度极低（用于下游病毒组学的病毒样颗粒高通量色谱超纯化 | bioRxiv
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用于下游病毒组学的病毒样颗粒高通量色谱超纯化
Jessie L. Maier，Namita Deshmukh，Manuel Kleiner
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.09.737491
通讯作者： mkleine{at}ncsu.edu
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摘要
病毒样颗粒（VLP）是微生物组中的丰富组成部分，具有关键的生态功能，例如通过病毒捕食进行种群控制以及介导水平基因转移。通过宏基因组学研究微生物组中的病毒集合（即病毒组）已为不同环境中 VLP 的组成与功能提供了重要见解。然而，目前 VLP 纯化的金标准方法——CsCl 密度梯度超速离心（CsCl）——通量低、耗时长，并且存在偏倚，这限制了在更大样持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 7 月 9 日。
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用于下游病毒组学的病毒样颗粒高通量色谱超纯化 Jessie L. Maier，Namita Deshmukh，Manuel Kleiner bioRxiv 2026.07.09.737491； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.09.737491
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用于下游病毒组学的病毒样颗粒高通量色谱超纯化 Jessie L. Maier，Namita Deshmukh，Manuel Kleiner bioRxiv 2026.07.09.737491； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.09.737491
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.09.737491v1?rss=1
🏷️ 病毒组学 类病毒颗粒 阴离子交换色谱 宏基因组测序 噬菌体纯化