利用DNA-FISH中期染色体铺片区分人类癌细胞系中的染色体外DNA与均匀染色区

全基因组测序能够以碱基对分辨率鉴定局灶性DNA扩增，但无法判定扩增序列是位于染色体外DNA（ecDNA，亦称双微体）上，还是位于整合入染色体的均一染色区（HSR）内。DNA荧光原位杂交（DNA-FISH）中期染色体铺片仍然是在单细胞分辨率下区分这些扩增状态的金标准。在此，我们提出了一套基于人癌细胞系的DNA-FISH中期染色体铺片详细实验方案，涵盖细胞培养、中期阻滞、低渗处理、固定、染色体铺片、荧光探针杂交以及荧光成像。该方案纳入了中间质量控制步骤，用于验证染色体是否成功分散并优化中期铺片质量，从而使该流程对于缺乏专业细胞遗传学经验的实验室也具有可操作性。结果表明，利用位点特异性探针能够清晰可视化ecDNA和HSR扩增状态，并展示了可能影响结果判读的常见技术伪影。该方案为研究癌细胞中癌基因扩增的结构组织形式提供了一种稳健且可重复的方法。

全基因组测序能够以碱基对分辨率识别局灶性 DNA 扩增，但无法判定扩增序列究竟位于染色体外 DNA（ecDNA，亦称双微体）上，还是位于整合入染色体的均匀染色区（HSR）内。DNA 荧光原位杂交（DNA-FISH）中期染色体铺片仍然是在单细胞分辨率下区分这些扩增状态的金标准。在此，我们介绍一种针对人类癌细胞系进行 DNA-FISH 中期染色体铺片的详细方案，涵盖细胞培养、中期阻滞、低渗处理、固定、染色体铺展、荧光探针杂交以及荧光成像等步骤。该方案纳入了中间质量控制步骤，用于验证染色体是否成功分散并优化中期染色体铺片质量，从而使不具备专业细胞遗传学专长的实验室也能开展该流程。结果表明，利用位点特异性探针可以清晰可视化 ecDNA 和 HSR 扩增状态，并展示了可能影响结果解读的常见技术伪影。该方案为研究癌细胞中癌基因扩增的结构组织提供了一种稳健且可重复的方法。

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🏷️ DNA-FISH 中期染色体铺片 染色体外DNA 均匀染色区 癌细胞系 癌基因扩增