细胞因子启动子处转录因子结合的多层次特异性

转录因子（TF）通过序列特异性的DNA结合调控基因表达，其在基因组上的占据情况还进一步受到TF表达水平、激活状态以及蛋白质—蛋白质相互作用的影响。这些机制如何决定情境特异性的基因调控，仍未被完全理解，尤其是对于细胞因子这类受到严格调控的免疫基因而言。 在此，我们利用配对酵母单杂交（pY1H）实验，系统性地检验了236种TF及392对TF组合在106个细胞因子基因启动子上的DNA结合情况。在鉴定出的1,619个TF—启动子相互作用中，555个依赖于TF协同作用，410个受到至少一个TF伙伴的拮抗，这表明TF—DNA结合高度依赖于TF伙伴。不同伙伴的使用可显著改变某一TF的靶标谱，并可能导致不同转录辅因子的募集。进一步结合现有的TF表达与激活数据表明，协同作用和拮抗作用为DNA结合特异性提供了额外且此前未被充分重视的调控层次。

转录因子（TF）通过序列特异性的DNA结合调控基因表达，其在基因组上的占据还进一步受到TF表达水平、激活状态以及蛋白质-蛋白质相互作用的影响。这些机制如何决定情境特异性的基因调控仍未被完全理解，尤其是对于细胞因子这类受到严格调控的免疫基因而言。

在此，我们采用配对酵母单杂交（pY1H）实验，系统考察了236种TF及392对TF组合在106个细胞因子基因启动子上的DNA结合情况。在鉴定出的1,619个TF-启动子相互作用中，555个需要TF协同作用，410个受到至少一个TF伙伴的拮抗，这表明TF-DNA结合高度依赖于TF伙伴。不同伙伴的使用可显著改变某一TF的靶标谱，并可能导致招募不同的转录辅因子。与现有关于TF表达和激活的数据整合后进一步表明，协同作用和拮抗作用为DNA结合特异性提供了额外且此前未被充分重视的调控层次。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.08.730942v1?rss=1

🏷️ 转录因子 细胞因子启动子 DNA结合特异性 协同与拮抗调控 酵母单杂交