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对靶标蛋白可成药性的先验评估仍然是药物开发领域一个尚未解决的问题。为解决这一问题而广泛采用的经验方法表现出较低的效率。在本研究中，我们考察了由65种在进化和结构上彼此无关的人类酶组成的代表性集合在水环境中的水合因子。该因子仅取决于蛋白质的结构，而不依赖于任何潜在配体的物理化学性质。结果表明，与广泛使用的基于可及表面积（ASA）计算的方法不同，人类酶活性位点中低熵水分子（LEW）的含量系统性地高于其表面其他区域中的含量，包括非活性空腔。本文提出了用于识别蛋白质配体结合位点的最优判据和分步流程。所提出的方法基于计算潜在目标蛋白第一水合层中LEW的含量，使得即使在任何配体开发之前，也有可能评估其药用适宜性。本文还给出了实验拉曼光谱数据与分子动力学模拟结果的比较分析结果；该模拟采用了三种广泛使用的水模型（TIP3P、OPC3和TIP5P），并结合标准算法计算水的氢键网络。
Svetlana Panasenko 以 B.P. Konstantinov 命名的国家研究中心“库尔恰托夫研究所”彼得堡核物理研究所 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议 提供。
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发布于 2026 年 7 月 8 日。 下载 PDF
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蛋白质水合与可成药性 Svetlana Panasenko ，Vadim Khorev ，Michael Petukhov bioRxiv 2026.07.06.736750； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736750
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蛋白质水合与可成药性 Svetlana Panasenko ，Vadim Khorev ，Michael Petukhov bioRxiv 2026.07.06.736750； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.06.736750
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🏷️ 蛋白质水合 成药性评估 低熵水分子 配体结合位点 分子动力学模拟