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单细胞RNA测序（scRNA-seq）以前所未有的分辨率揭示了细胞与克隆异质性。计算方法已能够恢复分化动态过程，然而现有方法尚未评估恶性白血病中存在的非连续性分化过程。为弥补这些空白，我们开发了SupeRJump：一种基于跳跃-漂移-扩散的监督式细胞命运模型（https://github.com/namwob44/SupeRJump/）。我们将该方法应用于人类骨髓、小鼠衰老造血过程以及慢病毒条形码标记的小鼠急性髓系白血病模型。我们的框架引入了一种半监督伪时间策略，用于拟合跳跃-漂移-扩散模型，并通过吸收马尔可夫链进行谱系命运预测的批次校正。我们提出了多种指标，用于量化细胞对特定谱系的偏向性、经由中间祖细胞状态向终末分化状态的转变，以及非连续性转变动态。我们利用这些指标鉴定出具有优先分化偏倚的细胞、其潜在的转录网络，以及导致分化非连续性的基因程序。
SupeRJump：通过半监督跳跃扩散建模确定正常与白血病分化命运 | bioRxiv
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SupeRJump：通过半监督跳跃扩散建模确定正常与白血病分化命运
Michael Bowman， Roopsha Bandopadhyay， Varsha Singh， Maria Telpoukhovskaia， Robert Vander Velde， Sydney M Shaffer， Jennifer J Trowbridge， Robert L Bowman
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735284
Michael Bowman 1 宾夕法尼亚大学； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议提供。
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发布于 2026 年 7 月 7 日。
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Michael Bowman， Roopsha Bandopadhyay， Varsha Singh， Maria Telpoukhovskaia， Robert Vander Velde， Sydney M Shaffer， Jennifer J Trowbridge， Robert L Bowman
bioRxiv 2026.07.01.735284； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735284
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SupeRJump：通过半监督跳跃扩散建模确定正常与白血病分化命运
Michael Bowman， Roopsha Bandopadhyay， Varsha Singh， Maria Telpoukhovskaia， Robert Vander Velde， Sydney M Shaffer， Jennifer J Trowbridge， Robert L Bowman
bioRxiv 2026.07.01.735284； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735284
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.01.735284v1?rss=1
🏷️ 单细胞RNA测序 白血病 细胞命运预测 半监督学习 伪时间分析 造血分化