复杂设计下比较性亚细胞组学的稳健分析

亚细胞组学技术如今使我们能够高通量地获得关于生物分子稳态定位与重定位的洞见。然而，对这些实验进行稳健分析可能既缓慢又具有挑战性。在此，我们表明，现有的差异定位分析方法可分为两类：依赖标记物的方法和无标记物的方法；二者由于根本不同的统计学原因而失效，且其失效模式并不完全重叠。我们在 SANDLE（差异定位实验统计分析）中利用了这一观察结果。SANDLE 将一种依赖标记物的亚细胞生态位生成模型与一种无标记物的、用于检测分级分离谱变化的回归检验相结合。这种双重策略能够更好地控制假阳性，将分析时间最多缩短 100 倍，并且比现有方法更能适应复杂的实验设计。我们展示了 SANDLE 在广泛亚细胞组学实验中的通用性，包括药物处理响应、跨物种与生命周期比较、翻译后修饰蛋白质变体以及 RNA 重定位。通过联合分析未折叠蛋白反应期间的转录组与蛋白质组动态变化，我们进一步揭示了稳态定位具有条件依赖性的长链非编码 RNA。通过解决关键的方法学局限性，SANDLE 促进了亚细胞组学从基础生物学到临床研究的广泛应用。

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亚细胞组学技术如今使我们能够高通量地获得关于生物分子稳态定位与重定位的洞见。然而，这类实验的稳健分析可能缓慢且具有挑战性。在此，我们表明，现有的差异定位分析方法可分为两类：依赖标记物的方法和无标记物的方法；由于根持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 许可，以永久展示该预印本。

本作品依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。

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发布于 2026 年 7 月 7 日。

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复杂设计下比较亚细胞组学的稳健分析

Oliver Crook， Anna Andrejeva， Rayner Queiroz， Tom S Smith， Lisa Breckels， Kathryn Lilley

bioRxiv 2026.07.07.736960； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.07.736960

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复杂设计下比较亚细胞组学的稳健分析

Oliver Crook， Anna Andrejeva， Rayner Queiroz， Tom S Smith， Lisa Breckels， Kathryn Lilley

bioRxiv 2026.07.07.736960； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.07.736960

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.07.736960v1?rss=1

🏷️ 亚细胞组学 差异定位分析 统计建模 蛋白质组学 RNA重定位 复杂实验设计