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利用诸如 GoFlag 408 之类探针集的目标富集测序已彻底改变了系统发育学；然而，最新的基因组数据表明，某些探针可能与性别连锁，这在可能引入拓扑冲突的同时，也为研究性别特异的进化过程提供了机会。为检验苔藓植物中是否存在性连锁，我们开发了 UVfinder——一个旨在跨已发表苔藓基因组识别 GoFlag 位点中性连锁位点，并支持下游性别感知分析的流程。 将 UVfinder 应用于 50 个雌雄异株藓类基因组后，我们鉴定出 93 个在一个或多个谱系中表现出性连锁的探针，为通过常染色体—性染色体融合和基因转位形成新生性染色体提供了基因组证据。此外，通过比较在真藓目和曲尾藓亚纲中基于性连锁位点与常染色体位点构建的物种树，我们证明性连锁位点所携带的系统发育信息不同于常染色体中的信息。 我们还发现基因组数据中普遍存在对雌性样本的采样偏倚，这或许反映了采集者更偏好带有孢子体的植株。最终，我们的研究结果凸显了苔藓植物中性连锁的动态性，并表明性别感知系统基因组学可用于重建祖先核型，并有可能解决拓扑冲突。我们预计，随着基因组组装质量的提升以及雄性样本采样的增加，UVfinder 将促进对性别特异进化过程的进一步研究。
stuartmcdaniel{at}ufl.edu
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摘要 使用 GoFlag 408 等探针组进行的靶向富集测序已经彻底改变了系统发育学；然而，近期基因组数据表明，某些探针可能与性别连锁，这在可能引入拓扑冲突的同时，也为研究性别特异的进化过程提供了可能。为检验苔藓植物中是否存在性连锁，我们开发了 UVfinder，这是一条用于识别已发表藓类基因组中与性别连锁的 GoFlag 位点并支持下游性别感知分析的流程。将 UVfinder 应用于 50 个雌雄异株藓类基因组后，我们鉴定出 93 个在一个或多个谱系中表现出性连锁的探针，并提供了通过常染色体—性染色体融合及基因转位形成新生性染色体的基因组学证据。此外，通过比较在真藓目和曲尾藓亚纲中基于性连锁位点与常染色体位点构建的物种树，我们证明性连锁位点携带的系统发育信息不同于常染色体所携带的信息。我们还发现基因组数据中普遍存在对雌株取样的偏倚，这可能反映了采集者更偏好带有孢子体的植株。最终，我们的研究结果凸显了苔藓植物中性连锁的动态性，并表明性别感知系统基因组学可用于重建祖先核型并有望解决拓扑冲突。我们预计，随着基因组组装质量的提升以及雄株取样的增加，UVfinder 将促进对性别特异进化过程的进一步研究。
利益冲突声明 脚注 https://github.com/PF03106/UVfinder
已声明的资助信息 NASA 生物与物理科学部 ，SC3786 NSF 北极科学部 ，2000649 佛罗里达大学 Astraeus 太空研究所 澳大利亚研究理事会“自然与农业中植物成功”卓越研究中心 ，CE200100015
版权 持有人为作者/资助方，其已授权 bioRxiv 永久展示该预印本。 其依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。
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发布于 2026 年 7 月 7 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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Seyeon Kim， John Bowman， Edward Louis Braun， Stuart McDaniel
bioRxiv 2026.07.01.735932； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735932
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引文工具 UVfinder：从 GoFlag408 探针组中提取苔藓植物性连锁基因拷贝的工具
Seyeon Kim， John Bowman， Edward Louis Braun， Stuart McDaniel
bioRxiv 2026.07.01.735932； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735932
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.01.735932v1?rss=1
🏷️ 苔藓植物 性连锁基因 系统基因组学 系统发育 目标富集测序 UVfinder