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抗微生物药物耐药性（AMR）会加重癌症患者的菌血症，尤其是在资源匮乏的环境中。在乌干达癌症研究所，已有报道显示产生超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的肠杆菌目细菌检出率较高，而对bla基因的DNA检测仅限于PCR。本研究旨在确定：从乌干达以常温运输至英国的细菌基因组DNA是否能够保持足够的质量，以进行全基因组测序（WGS），从而支持对分离株开展深入的基因组学分析。于乌干达从革兰阴性血流感染分离株（n=77）中提取基因组DNA，并以常温运输至英国。最终获得了分离株的rpoB基因数据（77/77，100%）和WGS数据（72/77，93.5%），其中66/72（91.7%）的基因组为高质量基因组（大肠埃希菌 n=34；克雷伯菌属 n=32）。生物信息学分析包括物种鉴定、序列分型、SNP分析、AMR及毒力基因谱分析，以及与公开可获得的乌干达分离株基因组进行比较。表型与基因型的一致性总体较高：7/77（9.1%）的分离株在表型检测中被误鉴定，另有2株表现出无法解释的碳青霉烯类耐药性。大肠埃希菌分离株呈现多样的序列型，blaCTX-M（91.2%）和blaOXA-1（47.1%）流行率较高；碳青霉烯酶基因则较为罕见。克雷伯菌分离株缺乏高黏液性相关位点，并表现出多样的荚膜类型，同时ESBL流行率较高。基因组聚类提示菌株在医院内传播的情况有限。基因组数据能够为全球关注的细菌亚分支传播提供重要见解。本文报告的广泛AMR基因型凸显了改进诊断方法和更新乌干达癌症患者菌血症治疗指南的必要性。
抗微生物药物耐药性（AMR）会加重癌症患者的菌血症，尤其是在资源匮乏环境中。在乌干达癌症研究所，已有研究报告了产生超广谱β-内酰胺酶（ESBL）的肠杆菌目细菌的高流行率，而bla基因的基于DNA的检测仍局限于PCR。本研究旨在确定，从乌干达到英国以常温运输的细菌基因组DNA是否能够保持足够的质量以进行全基因组测序（WGS），从而支持对分离株开展深入的基因组学分析。
在乌干达，从革兰阴性血流感染分离株（n=77）中提取基因组DNA，并以常温运送至英国。成功获得了分离株的rpoB基因（77/77，100%）和WGS数据（72/77，93.5%），其中66/72（91.7%）的基因组达到高质量标准（大肠杆菌，n=34；克雷伯菌属，n=32）。生物信息学分析包括物种鉴定、序列分型、SNP分析、AMR和毒力基因谱分析，以及与公开可获得的乌干达分离株基因组进行比较。
表型与基因型的一致性总体较高：7/77（9.1%）的分离株被表型检测误鉴定，另有2株表现出原因未明的碳青霉烯耐药性。大肠杆菌分离株表现出多样的序列型，blaCTX-M（91.2%）和blaOXA-1（47.1%）的流行率较高；碳青霉烯酶基因较为罕见。克雷伯菌分离株缺乏高黏液性相关位点，并表现出多样的荚膜类型，同时ESBL的流行率较高。基因组聚类提示菌株在医院内传播的情况有限。
基因组数据能够为理解全球重点关注的细菌亚分支传播提供重要见解。本文报告的广泛AMR基因型凸显了改进诊断方法和更新乌干达癌症患者菌血症治疗指南的必要性。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.05.736378v1?rss=1
🏷️ 菌血症 革兰阴性菌 抗微生物药物耐药 全基因组测序 癌症患者 ESBL