病毒驱动的tRNA竞争普遍抑制具有相似密码子使用偏好的宿主基因

病毒感染会在病毒基因与宿主基因之间诱导tRNA竞争，并常常抑制宿主翻译。然而，这种竞争如何影响内源性基因仍不清楚。本文考虑了三种可能的假说：丰富tRNA短缺、稀有tRNA短缺和病毒相似性抑制。泛病毒Ribo-seq数据表明，密码子使用偏好（CUB）与宿主tRNA供应或病毒CUB相匹配的内源性基因会受到强烈抑制，这是由于内源性CUB-tRNA失配与内源性-病毒CUB差异之间存在正相关，从而支持了丰富tRNA短缺和病毒相似性抑制假说。 在使用同义庆大霉素抗性蛋白的大肠杆菌实验中，这种正相关支持丰富tRNA短缺，而非正相关支持稀有tRNA短缺，并且正相关和非正相关两种类型都支持病毒相似性抑制。最后，对人类病毒基因组的分析显示，大多数病毒存在这种正相关，但少数病毒呈现非正相关，反映了病毒-宿主相互作用策略的多样性。这些发现确立了病毒相似性抑制作为一种普遍原则，揭示了此前未被认识到的病毒-宿主共进化复杂性。

病毒感染会在病毒与宿主基因之间诱发 tRNA 竞争，并且常常抑制宿主翻译。然而，内源性基因如何受到这种竞争的影响仍不清楚。本文考虑了三种可能的假说：丰富 tRNA 短缺、稀有 tRNA 短缺以及病毒相似性抑制。泛病毒 Ribo-seq 数据表明，密码子使用偏好（CUB）与宿主 tRNA 供给或病毒 CUB 相匹配的内源性基因会受到强烈抑制，其原因在于内源性 CUB–tRNA 失配与内源性–病毒 CUB 差异之间存在正相关，这支持了丰富 tRNA 短缺和病毒相似性抑制假说。在针对同义庆大霉素抗性蛋白的大肠杆菌实验中，这种正相关支持丰富 tRNA 短缺，而非正相关支持稀有 tRNA 短缺；正相关和非正相关这两种类型的相关性都支持病毒相似性抑制。最后，对人类病毒基因组的分析表明，大多数病毒都呈现这种正相关，但少数病毒中则表现为非正相关，这反映了病毒—宿主相互作用策略的多样性。这些发现确立了病毒相似性抑制作为一种普遍原则，揭示了此前未被认识到的病毒—宿主协同进化的复杂性。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.02.736060v1?rss=1

🏷️ 病毒宿主互作 tRNA竞争 密码子使用偏好 翻译抑制 Ribo-seq 病毒共进化