EDTA v2：实现动物基因组中可扩展的转座元件注释

广泛从头转座元件注释器（Extensive de-novo TE Annotator, EDTA）可自动完成植物基因组中的转座元件注释，但由于缺乏对LINE/SINE的直接检测，其在动物基因组中的适用性受到限制。我们提出EDTA v2，该版本集成了LINE和SINE检测功能，全面重写了TIR-Learner以提升可部署性和可扩展性，并将结构检测器的运行速度提升了最高两个数量级。在对来自脊椎动物基因组计划第一阶段（Vertebrate Genomes Project Phase I）的30个动物基因组进行测试后，EDTA v2弥补了此前阻碍动物中自动化转座元件注释的非LTR检测缺口。

广泛从头转座元件注释器（Extensive de-novo TE Annotator，EDTA）可自动完成植物基因组中的转座元件注释，但由于缺乏对LINE/SINE的直接检测，其在动物基因组中的适用性受到限制。我们提出EDTA v2，该版本整合了LINE和SINE检测功能，彻底重写了TIR-Learner以提高其可部署性和可扩展性，并将结构检测器的运行速度提升了最多两个数量级。在对“脊椎动物基因组计划”第一阶段的30个动物基因组进行测试后，EDTA v2 弥补了此前阻碍动物中自动化TE注释的非LTR检测空白。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.01.735963v1?rss=1

🏷️ 转座元件注释 动物基因组 LINE/SINE检测 从头注释 基因组分析