OrthoGLMM：基因内容与性状演化的系统发育关联检验

研究动机：比较基因组学项目如今已能够对数百个物种进行组装和注释，这为检验物种层面的性状是否与基因内容的重复性变化相关提供了机会。此类检验必须考虑共同祖先、稀疏直系同源群、性状起源罕见以及成千上万项同时进行的关联分析。 结果：我们提出了 OrthoGLMM，这是一个在系统发育信息指导下，用于分析跨物种性状与直系同源群存在/缺失或拷贝数之间关联的框架。OrthoGLMM 结合了确定性 GLMM 扫描、基于求解器重复运行的经验校准以及校准后的 FDR 估计。在三个基准数据集中，OrthoGLMM 成功恢复了与细菌固氮、植物结瘤和海洋哺乳动物相关的预期信号。 可获得性与实现：源代码、文档、示例数据以及可重复性脚本将发布于 http://github.com/jguhlin/OrthoGLMM。

研究动机：比较基因组学项目如今已经能够对数百个物种进行组装和注释，这为检验物种水平性状是否与基因含量的重复性变化相关提供了机会。此类检验必须考虑共同祖先、稀疏直系同源群、性状起源罕见以及成千上万个同时进行的关联分析等因素。

结果：我们提出了 OrthoGLMM，这是一种在系统发育信息指导下，用于分析跨物种性状与直系同源群存在/缺失或拷贝数之间关联的框架。OrthoGLMM 将确定性广义线性混合模型扫描与基于求解器重复运行的经验校准及经校准的错误发现率估计相结合。在三个基准数据集中，OrthoGLMM 成功识别出与细菌固氮、植物结瘤和海洋哺乳动物相关的预期信号。

可获得性与实现：源代码、文档、示例数据以及可重复性脚本将发布于 http://github.com/jguhlin/OrthoGLMM。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.03.736217v1?rss=1

🏷️ 比较基因组学 系统发育 直系同源群 广义线性混合模型 基因内容关联分析