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人类肝脏由异质性的多种细胞类型组成。这些不同的细胞群体如何分别及协同地促进肝脏功能，仍然知之甚少。尽管单细胞技术推动了我们对肝脏生物学的理解，既往单项研究往往受限于供体队列规模较小以及细胞类型注释不一致。整合多个数据集可以克服这些挑战，并更好地捕捉生物学变异性。我们提出了人类肝脏细胞图谱（Human Liver Cell Atlas, HLiCA），这是一个由来自六个研究中心的八个数据集整合而成的非疾病肝脏细胞参考图谱，涵盖了来自110名供体的超过52.5万个细胞。HLiCA是在与人类细胞图谱肝脏生物网络（Human Cell Atlas Liver Bionetwork）的合作中开发的，纳入了经专家整理的细胞注释，并通过社区反馈和专门的细胞类型注释会议加以完善。HLiCA将细胞分类为六大谱系，并将细胞类型分辨率扩展至47种不同的细胞类型。我们从原始测序读段出发，对所有数据进行了重新比对，并开展了严格的基准评估，以确保在技术和生物学变量上的稳健整合。我们还对所有样本进行了遗传祖源推断，以评估该图谱所代表的祖源背景范围。扩展后的细胞类型注释使我们能够鉴定先前未被识别的肝脏细胞类型，包括NRXN1+基质细胞。我们利用空间转录组学验证了其存在，并将NRXN1+基质细胞定位于门周区域。凭借HLiCA所纳入的供体数量，我们得以考察细胞类型特异性与人口学协变量之间的关联。在肝细胞中，药物代谢基因在不同性别之间表现出差异表达；而在胆管细胞中，黏液生成基因则随年龄而变化。作为迄今为止规模最大且遗传多样性最高的人类肝脏细胞图谱，HLiCA为该领域提供了一个由专家共识注释的、全面且注释完善的参考资源。该资源将有助于更深入地解析健康人类肝脏中的细胞多样性、组织结构和功能，并作为理解疾病发生时相关变化的参考。
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摘要
人类肝脏由异质性的多种细胞类型组成。这些不同细胞群体如何分别及协同地促进肝脏功能，目前仍知之甚少。尽管单细胞技术推动了我们对肝脏生物学的理解，但单个研究往往受限于供体队列规模较小以及细胞类型注释不一致。整合多个数据集可以克服这些挑战，并更好地捕捉生物学变异性。
我们提出了人类肝脏细胞图谱（Human Liver Cell Atlas, HLiCA），这是一个整合性的非疾病肝脏细胞参考图谱，由来自6个研究中心的8个数据集构建而成，涵盖110名供体的超过52.5万个细胞。HLiCA在“人类细胞图谱肝脏生物网络”（Human Cell Atlas Liver Bionetwork）的合作下开发，纳入了经专家策划的细胞注释，并通过社区反馈和专门的细胞类型注释会议加以完善。HLiCA将细胞划分为6个谱系，并将细胞类型分辨率扩展至47种不同的细胞类型。我们从原始测序读段出发，对所有数据进行了重新比对，并开展了严格的基准评估，以确保在技术和生物学变量之间实现稳健整合。我们还对所有样持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议发布。
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发表于 2026年7月4日。 下载 PDF 补充材料 电子邮件
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bioRxiv 2026.06.30.735539； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.30.735539
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bioRxiv 2026.06.30.735539； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.30.735539
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.30.735539v1?rss=1
🏷️ 单细胞转录组 肝脏细胞图谱 细胞类型注释 空间转录组学 健康人肝脏 多数据集整合