多样化肠道噬菌体衣壳中半胱氨酸的趋同富集提示与肠道相关的结构适应

背景：肠道环境对生命具有敌意，然而以噬菌体为主的人类病毒组仍能持续存在。对主要衣壳蛋白（MCP）的适应可能解释这一现象。噬菌体MCP保留了HK97折叠，这一结构非常适合用于检测不同噬菌体群体中的趋同特征。此前关于衣壳稳定性的研究主要集中于个别噬菌体，限制了对更广泛模式的识别。 方法：利用ProtPhage + Phold对肠道噬菌体数据库（GPD）（n=8,478）和INPHARED（n=4,905）中的MCP进行预测，并使用MMseqs2进行聚类（GPD=902，INPHARED=606）。采用结构预测、保守性分析和衣壳粒建模对半胱氨酸环境进行表征。 结果：生化分析鉴定出GPD中MCP的半胱氨酸富集现象。系统发育映射结果与高半胱氨酸MCP趋同进化的观点一致。超过50%的半胱氨酸在簇内和簇间的保守性达到[≥]90%。模拟衣壳粒显示，83%的半胱氨酸处于埋藏状态（RSA

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多样化肠道噬菌体衣壳中半胱氨酸的趋同富集提示肠道相关的结构适应

查看 ORCID 个人主页 Riley Anderson， 查看 ORCID 个人主页 Michael P Wilczek

doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.03.736451

Riley Anderson 东北大学 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。

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发表于 2026 年 7 月 4 日。

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多样化肠道噬菌体衣壳中半胱氨酸的趋同富集提示肠道相关的结构适应

Riley Anderson， Michael P Wilczek bioRxiv 2026.07.03.736451； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.03.736451

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多样化肠道噬菌体衣壳中半胱氨酸的趋同富集提示肠道相关的结构适应

Riley Anderson， Michael P Wilczek bioRxiv 2026.07.03.736451； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.03.736451

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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.03.736451v1?rss=1

🏷️ 肠道噬菌体 衣壳蛋白 半胱氨酸富集 趋同进化 结构适应