RegulomeXplorer：药物对亚细胞分辨蛋白质组影响的交互式探索

基于质谱的蛋白质组学能够定量分析药物诱导的蛋白质丰度变化。然而，跨亚细胞区室整合扰动数据仍然是一个具有挑战性的瓶颈。 在此，我们提出了RegulomeXplorer，这是一种基于网络的工具，用于亚细胞区室分辨蛋白质组学数据的自动化处理与交互式探索。RegulomeXplorer利用MaxQuant输出文件来确定药物扰动后蛋白质的差异性调控，进行功能富集分析，并将富集术语可视化于一个称为regulome的二维细胞质—细胞核平面上。通过regulome进行数据可视化，可以同时评估药物扰动效应在不同亚细胞区室中的幅度，以及受调控蛋白对每个富集术语在regulome平面上位置的贡献。 我们将RegulomeXplorer与先前发表的、经人工整理的regulome分析结果进行了验证。随后，该工具被应用于亚细胞区室分辨的乳腺癌细胞系蛋白质组数据，揭示了多柔比星和紫杉醇所诱导的药物特异性和细胞系特异性响应，这些结果均与其已知作用机制一致。RegulomeXplorer为解释区室分辨扰动蛋白质组学数据并在药物反应研究中生成作用机制假说提供了一种易于获取的工作流程。RegulomeXplorer可在https://chemnettools.anc.univie.ac.at/RegulomeExplorer/免费使用，无需注册。

基于质谱的蛋白质组学能够定量药物诱导的蛋白丰度变化。然而，跨亚细胞区室整合扰动数据仍然是一个具有挑战性的瓶颈问题。在此，我们提出了 RegulomeXplorer，这是一种基于网络的工具，用于亚细胞区室分辨蛋白质组学数据的自动化处理与交互式探索。RegulomeXplorer 利用 MaxQuant 输出文件来确定药物扰动后蛋白质的差异性调控，进行功能富集分析，并将富集术语可视化于一个称为 regulome 的二维细胞质—细胞核平面上。通过 regulome 进行数据可视化，可以同时评估药物扰动效应在不同亚细胞区室中的幅度，以及受调控蛋白对每个富集术语在 regulome 平面中位置的贡献。我们将 RegulomeXplorer 与此前已发表的、经人工整理的 regulome 分析进行了验证。随后将其应用于亚细胞区室分辨的乳腺癌细胞系蛋白质组，揭示了多柔比星和紫杉醇诱导的、具有药物和细胞系特异性的响应，这些结果均与其已知作用机制一致。RegulomeXplorer 为解释区室分辨扰动蛋白质组学数据以及在药物反应研究中生成作用机制假设提供了一个易于使用的工作流程。RegulomeXplorer 可免费使用且无需注册，网址为 https://chemnettools.anc.univie.ac.at/RegulomeExplorer/。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.29.735319v1?rss=1

🏷️ 蛋白质组学 亚细胞区室 药物扰动 功能富集分析 乳腺癌细胞系 交互式可视化