使用置换检验从等位基因频率时间序列中无模型推断进化

等位基因频率（AF）时间序列使我们能够在遗传层面直接观察进化的动态过程。然而，由于细时间尺度上AF变化所固有的模型不确定性和噪声，从AF时间序列中提取有用推断一直被证明是困难的。在此，我们提出三种新的置换检验——它们既不假定进化变化模型，也不假定参数统计模型——用于检测AF时间序列中具有进化意义的特征。这些方法所识别的特征包括：1）任何进化变化（相对于由测量误差导致的表观变化）；2）定向选择；3）具有符号改变倾向的波动选择（负自相关）。据我们所知，目前尚不存在用于检验特征1和3的现有方法。特征2通常使用诸如Wright-Fisher模型之类的标准进化模型进行检验；我们表明，置换方法具有可比的统计功效。我们将这些新方法应用于黑腹果蝇（D. melanogaster）和水蚤（D. pulex）的AF时间序列数据。

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发表于 2026 年 7 月 3 日。

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使用置换检验从等位基因频率时间序列进行无模型进化推断

Jason Bertram ， Abigail Kushnir

bioRxiv

2026.07.01.735864； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735864

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使用置换检验从等位基因频率时间序列进行无模型进化推断

Jason Bertram ， Abigail Kushnir

bioRxiv

2026.07.01.735864； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.01.735864

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.01.735864v1?rss=1

🏷️ 等位基因频率 时间序列分析 置换检验 定向选择 波动选择 无模型推断