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食虫蝙蝠的粪便蕴含可通过非侵入性方式评估的生态信息，可用于表征肠道微生物组和食性，同时还可反映环境微生物以及具有保护意义的病原体。尽管具有这一潜力，粪便群落在分解过程中如何变化仍缺乏研究，尤其是在人工栖息地内部而非洞穴中的情形。在本研究中，我们于美国康涅狄格州两个地点的三个样点，对棕蝠（Myotis lucifugus）繁殖群落的粪便在夏季育幼期按月采样，采集新鲜沉积样本以及沉积后4、8和12周的样本。解析这些跨界生物信号需要五种技术流程：采用短读长16S和ITS2扩增子测序（Illumina）进行细菌和真菌谱系分析，采用长读长CO1宏条形码测序（Oxford Nanopore）分析新鲜样本中的节肢动物食性，采用长读长鸟枪法宏基因组学对陈化样本进行病毒鉴定，并采用靶向qPCR检测与蝙蝠、人类及森林健康相关的目标生物。 新鲜粪便在各样点间产生了稳定一致的细菌信号，而新鲜真菌群落则表现出样点间差异。对分解的响应取决于栖息地环境：外部样点的真菌多样性随时间下降，并逐渐向环境需氧菌群转变，而内部栖息地则保留了新鲜样本的特征。食性组成在时间上存在变化，以双翅目为主，并包含入侵种绿灰天牛（Agrilus planipennis）。白鼻综合征的病原体Pseudogymnoascus destructans在三个样点的新鲜和陈化样本中均有检出，但仅在内部栖息地中持续存在12周，在该处具有抗真菌作用的细菌类群出现了耗竭。对陈化粪便进行的长读长鸟枪法宏基因组学分析恢复出约100种病毒物种，其中以噬菌体为主，同时还检测到与人类、蝙蝠及其他哺乳动物相关的非噬菌体乳多瘤腺病毒属（Mastadenovirus）病毒。 这些结果表明，人工建筑结构会影响蝙蝠粪便微生物组演替的轨迹，而育幼群落的粪便可用于对环境病原体、蝙蝠食性以及细菌和真菌群落进行非侵入性评估。
食虫蝙蝠的粪便蕴含可通过非侵入性方式评估的生态信息，可用于表征肠道微生物组和食性，同时还可反映环境微生物以及与保护相关的病原体。尽管具有这一潜力，粪便群落在分解过程中如何变化仍研究不足，尤其是在人工栖息地内部而非洞穴中的情形。在本研究中，我们于美国康涅狄格州两个地点的三个样点，对小棕蝠（Myotis lucifugus）种群的粪便进行了采样；采样贯穿夏季育幼期，按月进行，并分别在新鲜排泄时以及排泄后4、8和12周取样。解析这些跨界信号需要五种工作流程：采用短读长16S和ITS2扩增子测序（Illumina）进行细菌和真菌谱系分析；采用长读长CO1宏条形码技术（Oxford Nanopore）分析新鲜样品中的节肢动物食性；采用长读长鸟枪法宏基因组学对老化样品中的病毒进行鉴定；并采用靶向qPCR检测与蝙蝠、人类及森林健康相关的生物体。新鲜粪便在各样点间产生了一致的细菌信号，而新鲜真菌群落则因样点而异。对分解过程的响应取决于栖息地环境：外部样点的真菌多样性随时间下降，并逐渐向环境好氧菌群转变，而内部栖息地则保留了新鲜样品的特征。食性组成随时间变化，以双翅目为主，并包含入侵物种绿灰吉丁虫（Agrilus planipennis）。白鼻综合征的病原体Pseudogymnoascus destructans在三个样点的新鲜和老化样品中均有检出，但仅在内部栖息地持续存在12周；在该处，具有抗真菌作用的细菌类群相对匮乏。对老化粪便进行长读长鸟枪法宏基因组学分析后，鉴定出约100种病毒，主要为噬菌体，同时还检测到与人类、蝙蝠及其他哺乳动物相关的非噬菌体型哺乳动物腺病毒。上述结果表明，人工建筑会影响蝙蝠粪便微生物组演替的轨迹，而育幼群体的粪便能够用于对环境病原体、蝙蝠食性以及细菌和真菌群落进行非侵入性评估。
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.02.734860v1?rss=1
🏷️ 蝙蝠粪便 微生物组演替 宏条形码测序 环境病原体监测 食性分析