- 12 次围观
比较转录组数据正日益被用于研究跨物种表型多样化的分子基础。然而，寻找谱系之间差异表达（DE）的基因仍然具有挑战性，主要有两个原因。首先，随机进化漂变会模糊谱系特异性平均表达变化所留下的信号，并诱导系统发育相关性；如果忽略这种相关性，就会大幅提高假发现率（FDR），即错误检测到的基因数量。其次，基于 RNA-Seq 数据的 DE 分析需要在大量基因上进行多重检验，而个体测量数量较少且噪声较高，因此需要专门的统计工具。传统的 DE 工具，如 limma，以及经典的系统发育比较方法（PCMs），如表达方差与进化（Expression Variance and Evolution, EVE）模型，分别仅针对这两项挑战中的一项而设计，但二者在跨物种 RNA-Seq 数据背景下都无法胜任。 在本研究中，我们提出了 phyloDE，这是一种用于跨物种 DE 分析的新工具，旨在结合上述两类方法的优点。基于一个近期发表的四物种啮齿动物数据集所进行的模拟结果表明，与其他方法不同，phyloDE 在所有设定下都能正确控制 FDR，同时保持合理的统计功效。在对经验数据集进行重新分析时，与 EVE 相比，phyloDE 在所有实验设定中都发现了更多 DE 基因，并且这些基因在其顺式调控图景中表现出一致的变化。该方法以 R 语言实现，并提供了继承自 limma 的接口。
利用正则化系统发育线性模型进行种间差异基因表达分析 | bioRxiv
跳转至主要内容
首页 关于 投稿 提醒 / RSS 搜索该关键词 高级搜索 新结果
利用正则化系统发育线性模型进行种间差异基因表达分析
Mélina Gallopin， Maëlle Daunesse， Olivier Lespinet， Arnaud Liehrmann， Paul Bastide
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.30.734542
Mélina Gallopin 1 细胞整合生物学研究所（I2BC），巴黎-萨克雷大学，法国原子能委员会（CEA），法国国家科学研究中心（CNRS），91198 Gif-sur-Yvette，法国；
Maëlle Daunesse 2 巴斯德研究所，巴黎大学，法国国家科学研究中心 UMR 3525，法国国家健康与医学研究院 UA12，比较功能基因组学研究组，F-75015 巴黎，法国；
Olivier Lespinet 1 细胞整合生物学研究所（I2BC），巴黎-萨克雷大学，法国原子能委员会（CEA），法国国家科学研究中心（CNRS），91198 Gif-sur-Yvette，法国；
Arnaud Liehrmann 3 计算、定量与合成生物学系（CQSB），IBPS，索邦大学，法国国家科学研究中心（CNRS），F-75005 巴黎，法国；
Paul Bastide 4 巴黎西岱大学，法国国家科学研究中心（CNRS），MAP5，F-75006 巴黎，法国
通讯作者： paul.bastide{at}cnrs.fr
摘要 信息/历史 指标 PDF 预览
摘要
比较转录组数据集正日益用于研究物种间表型多样化的分子基础。然而，寻找谱系之间差异表达（DE）的基因仍然具有挑战性，主要有两个原因。首先，随机进化漂变会模糊谱系特异性平均表达变化所留下的信号，并引入系统发育相关性；如果忽略这种相关性，将大幅提高假发现率（FDR），即虚假检出的基因数量。其次，基于 RNA-Seq 数据的差异表达分析涉及在大量基因上进行多重检验，而个体测量数量较少且噪声较高，因此需要专门的统计工具。传统的差异表达工具，如 limma，以及经典的系统发育比较方法（PCM），如表达方差与进化（EVE）模型，分别仅被设计用于解决这两类挑战中的一类，但在种间 RNA-Seq 数据的背景下都无法胜任。在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议发布。
返回顶部 上一页 下一页
发布于 2026 年 7 月 3 日。
下载 PDF 电子邮件
感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的内容。
您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 可在不同行输入多个地址，或用逗号分隔。
您将通过电子邮件发送以下内容
利用正则化系统发育线性模型进行种间差异基因表达分析
消息主题
（您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您
消息正文
（您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的此页面。
您的个人消息
验证码
此问题用于测试您是否为人工访问者，并防止自动垃圾信息提交。
分享
利用正则化系统发育线性模型进行种间差异基因表达分析
Mélina Gallopin， Maëlle Daunesse， Olivier Lespinet， Arnaud Liehrmann， Paul Bastide
bioRxiv 2026.06.30.734542； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.30.734542
分享本文： 复制
引文工具
利用正则化系统发育线性模型进行种间差异基因表达分析
Mélina Gallopin， Maëlle Daunesse， Olivier Lespinet， Arnaud Liehrmann， Paul Bastide
bioRxiv 2026.06.30.734542； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.30.734542
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.30.734542v1?rss=1
🏷️ 差异基因表达 跨物种转录组 系统发育模型 RNA-seq 正则化统计方法