超高精度测序揭示了深海蛤类共生体系中极端的传播瓶颈

垂直传播的共生体会经历渐进性的基因组退化，这一过程由每一宿主世代中的传播瓶颈所驱动；传播瓶颈会降低遗传多样性，并促进有害突变的固定。由于推断此类过程需要稀缺的亲代—子代样本以及足以检测罕见变异的高灵敏度测序，直接估计仍然十分罕见。在此，我们利用两种超高精度测序方法，对一类深海蛤属（vesicomyid clam）宿主体内内共生体的遗传多样性进行了深度采样，从而研究其共生体传播瓶颈。种群统计建模显示，每一宿主世代的有效瓶颈大小约为8个共生体（95%置信区间：1–17个基因组）。与先前基于细胞学方法得到的瓶颈普查规模估计相比，这一估计值显著更小，这对于理解内共生体基因组退化的速率与动态具有重要意义。

垂直传播的共生体会经历进行性的基因组退化，其驱动因素是每一代宿主传播过程中发生的瓶颈效应；这种瓶颈会降低遗传多样性，并促进有害突变的固定。由于推断这类过程需要稀缺的亲代—子代样本以及足以检测稀有变异的高灵敏度测序，直接估计仍然较为罕见。在本研究中，我们采用两种超高精度测序方法，对一种大蚬科蛤类宿主体内内共生体的遗传多样性进行了深度采样，从而考察共生体传播瓶颈。群体统计建模显示，每一代宿主中的有效瓶颈大小约为8个共生体（95%置信区间：1–17个基因组）。与先前基于细胞学方法得到的瓶颈普查数量估计相比，这一估计值显著降低，对于理解内共生体基因组退化的速率与动态具有重要意义。

R.C.-D. 报告称其为 International Responder Systems 提供咨询服务。该咨询关系未对本研究的设计、实施、结果解释或发表产生任何影响。作者声明不存在其他竞争性利益。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.29.735038v1?rss=1

🏷️ 超高精度测序 共生体传播瓶颈 深海蛤类 垂直传播 基因组退化