AptBacterialDB：一个全面的、人工整理的抗菌适配体数据库|||北京沫之东生物技术有限公司

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近年来，适配体已从单纯的实验室工具转变为高效的分子识别剂，能够突破传统抗生素疗法的严格局限。我们开发了 AptBacterialDB，这是一个经人工整理的大型综合数据库，收录了1996年至2026年间经实验验证的抗菌适配体。该数据库共包含2131条适配体，靶向约75种不同的细菌类别，以及124个适配体靶标；其中95条记录见于 UTexas 数据库，97条见于 AptaDB，28条见于 Aptabase。数据库包含1555条独特的适配体序列、189种独特修饰、40种不同的筛选方法以及44种不同的亲和力测定方法。其整合了约20个字段的详细注释，包括序列信息、核酸类型、结合亲和力、修饰情况以及实验和功能细节。适配体的二级结构采用 ViennaRNA Package 2.0 进行预测，结果表明其大多呈现稳定构象，并具有结构化的茎区。数据库开发采用了 MySQL，并结合 ArcadeDB/openCypher 集成了知识图谱，用于适配体—靶标—机构关系的图形化可视化展示。数据库提供了多种搜索模式、浏览、相似性搜索、REST API 访问，以及与现有数据库条目关联以获得更广泛适配体视图等功能。AptBacterialDB（https://webs.iiitd.edu.in/raghava/aptbacterialdb/）提供了一个用户友好的集中式平台，可加速抗菌适配体研究、治疗开发、生物传感器设计以及计算建模工作。

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近年来，适配体已从单纯的实验室工具转变为高效的分子识别试剂，能够克服传统抗生素疗法的严格局限性。我们开发了 AptBacterialDB，这是一个经人工整理的大型综合数据库，收录了 1996 年至 2026 年间经实验验证的抗菌适配体。该数据库共包含 2131 条适配体，靶向约 75 种不同的细菌类别，以及 124 个适配体靶标，其中在 UTexas 数据库中发现 95 条记录，在 AptaDB 中发现 97 条，在 Aptabase 中发现 28 条。数据库包含 1555 条独特的适配体序列、189 种独特修饰、40 种不同的筛选方法以及 44 种不同的亲和力测定方法。它整合了约 20 个字段的详细注释，包括序列信息、核酸类型、结合亲和力、修饰、实验细节和功能细节。利用 ViennaRNA Package 2.0 对适配体的二级结构进行了预测，结果表明其大多采用稳定构象，并具有结构化的茎区。数据库开发采用了 MySQL，并结合 ArcadeDB/openCypher 集成了知识图谱，以图形化展示适配体—靶标—机构之间的关系。数据库提供了多种搜索模式、浏览、相似性搜索、REST API 访问，以及与现有数据库条目关联以获得更广泛适配体视角的功能。AptBacterialDB（https://webs.iiitd.edu.in/raghava/aptbacterialdb/）提供了一个用户友好的集中式平台，以加速抗菌适配体研究、治疗开发、生物传感器设计和计算建模工作。

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发布于 2026 年 7 月 3 日。

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