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纳米孔直接 RNA 测序能够在天然转录本上直接解析 RNA 修饰，但由于信号的非平稳性以及不同测序化学体系间的异质性，准确的多修饰检测仍然受到限制。在此，我们开发了 WattmaMod，这是一种基于深度学习的纳米孔直接 RNA 测序数据多修饰检测框架。该框架结合自监督预训练、监督式对比微调以及低标注增量适配，以提升表征学习能力，并支持向低资源修饰类型的高效扩展。该框架还进一步引入了小波引导的多尺度编码和动态交叉注意力融合，以建模原始信号和事件级特征。结果表明，WattmaMod 能够稳健地检测多种 RNA 修饰，包括 m6A、m5C、m1A、A-to-I、m7G、hm5C、m1{Psi}、f5C、ac4C、m5U 和 {Psi}。此外，它仅需极少量标注数据即可高效扩展至低资源修饰类型，能够跨测序化学体系和物种实现良好泛化，并预测不同 RNA 修饰之间潜在的高阶局部组织模式。因此，WattmaMod 为高分辨率表观转录组图谱分析提供了一个可扩展的框架，并将 RNA 修饰分析从单个位点预测拓展到协同多修饰表征。
WattmaMod 实现了用于纳米孔直接 RNA 测序的高分辨率且可扩展的 RNA 修饰谱分析 | bioRxiv
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WattmaMod 实现了用于纳米孔直接 RNA 测序的高分辨率且可扩展的 RNA 修饰谱分析
Renmin Han， Bin Yu， Sun Xinghui， Li Xiao， Qi Junhai， Yu Ting， Gao Xin
doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.02.735990
Renmin Han 1 山东大学； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。
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发布于 2026 年 7 月 2 日。 下载 PDF 补充材料 电子邮件
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Renmin Han， Bin Yu， Sun Xinghui， Li Xiao， Qi Junhai， Yu Ting， Gao Xin
bioRxiv 2026.07.02.735990； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.02.735990
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WattmaMod 实现了用于纳米孔直接 RNA 测序的高分辨率且可扩展的 RNA 修饰谱分析
Renmin Han， Bin Yu， Sun Xinghui， Li Xiao， Qi Junhai， Yu Ting， Gao Xin
bioRxiv 2026.07.02.735990； doi： https://doi.org/10.64898/2026.07.02.735990
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.07.02.735990v1?rss=1
🏷️ RNA修饰检测 纳米孔直接RNA测序 深度学习 表观转录组学 多修饰谱分析