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转录组分析被广泛用于生物标志物发现以及深入理解正常生理过程和疾病。基于 RNA-seq 推断的与年龄相关的基因表达变化，通常是相对于转录组组成并使用文库大小标准化来报告的。因此，随年龄变化的转录本丰度的绝对变化仍缺乏充分表征。在此，我们利用 Tabula Muris Senis 数据集中的外源 spike-in 标准化，定量分析了小鼠不同细胞类型中与年龄相关的总 mRNA 含量和基因表达变异。我们观察到总 mRNA 丰度存在广泛变化，其中减少主要出现在非免疫细胞类型中，而增加主要出现在免疫细胞类型中。与此同时，大多数细胞类型中表达基因的数量均有所下降，包括免疫细胞群体。基于 spike-in 标准化计数的差异表达分析鉴定出了一组在不同细胞类型中持续下调的基因，这些基因在 RNA 代谢和蛋白质加工功能上显著富集。此外，衰老过程中下调的基因与增殖停滞过程中下调的基因之间存在部分重叠，提示这些转录变化可能共享调控过程。总体而言，这些结果与这样一种观点一致：随着年龄增长，转录和代谢活性总体上受到抑制，并受到免疫特异性反应的调节。更广泛地说，我们的结果表明，从转录组衰老研究中得出的结论，在很大程度上取决于基因表达是以相对意义还是绝对意义来解释的，这凸显了绝对标准化方法对于分析年龄相关转录组变化的重要性。
经 spike-in 标准化的单细胞 RNA 测序揭示衰老过程中细胞类型特异性的转录抑制 | bioRxiv
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经 spike-in 标准化的单细胞 RNA 测序揭示衰老过程中细胞类型特异性的转录抑制
Idalio de Jesus Viegas， Cyril Lagger， Joao Pedro de Magalhaes
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.733584
Idalio de Jesus Viegas 1 伯明翰大学； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授权 bioRxiv 永久展示该预印本。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 提供。
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发表于 2026 年 6 月 30 日。 下载 PDF 电子邮件
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Idalio de Jesus Viegas， Cyril Lagger， Joao Pedro de Magalhaes
bioRxiv 2026.06.25.733584； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.733584
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Idalio de Jesus Viegas， Cyril Lagger， Joao Pedro de Magalhaes
bioRxiv 2026.06.25.733584； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.733584
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.733584v1?rss=1
🏷️ 单细胞RNA测序 衰老 加标标准化 转录抑制 细胞类型特异性 mRNA丰度