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利用位点频率谱（Site Frequency Spectrum, SFS）进行人口统计推断通常受限于被检验模型的数量和复杂性。本文介绍了一种名为 CoalMiner 的共祖模型生成器，可与 fastsimcoal2 配合使用。CoalMiner 采用决策树框架生成具有生物学合理性的模型，用户输入可指定人口统计参数及历史的数量与取值范围，随后这些模型可嵌入 fastsimcoal2 分析流程中。通过大量模拟和经验数据分析，我们表明 CoalMiner 是一种用于探索人口统计模型空间的有效辅助工具。CoalMiner 采用 Python 编写，并已在 GitHub 上免费提供：https://github.com/raywray/coalminer，同时附有大量示例说明和教程。
asethuraman{at}sdsu.edu
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摘要
基于位点频率谱（Site Frequency Spectrum, SFS）的人口统计推断通常受限于所测试模型的数量与复杂性。在此，我们提出了一个与 fastsimcoal2 配合使用的共祖模型生成器 CoalMiner。CoalMiner 利用决策树框架生成具有生物学合理性的模型，用户输入决定人口统计参数及历史的数量与范围，随后这些模型可接入 fastsimcoal2 流程。通过大量模拟和经验数据，我们表明 CoalMiner 是一个用于探索人口统计模型空间的有效辅助工具。CoalMiner 使用 Python 编写，并在 GitHub 上免费提供：https://github.com/raywray/coalminer，同时附有大量示例说明和教程。
利益冲突声明
脚注
https://github.com/raywray/coalminer
已声明资助信息
美国国家科学基金会， https://ror.org/021nxhr62 ，1564659 ，2147812
美国国立卫生研究院， https://ror.org/01cwqze88 ，1R15GM143700-01
美国能源部， https://ror.org/01bj3aw27 ，DE-SC0025673
版权
持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。
本作品依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议 公开提供。
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发布于 2026 年 6 月 30 日。
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CoalMiner：用于 fastsimcoal2 的共祖模型生成器
Raya Esplin-Stout ， Arun Sethuraman
bioRxiv 2026.06.25.734618； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734618
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CoalMiner：用于 fastsimcoal2 的共祖模型生成器
Raya Esplin-Stout ， Arun Sethuraman
bioRxiv 2026.06.25.734618； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734618
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734618v1?rss=1
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