懒猴内源性逆转录病毒的丰度、多样性及活性

内源性逆转录病毒（ERV）构成了脊椎动物基因组中的重要组成部分，既作为过去逆转录病毒感染的基因组记录而存在，同时也通过调控性借用，并在某些情况下通过持续的逆转座作用，影响宿主生物学。尽管对简鼻亚目灵长类中的ERV已进行了广泛研究，但在原猴亚目中的同类分析仍然缺失，这使我们对整个灵长目中ERV多样性及其进化动态的理解存在显著空白。本文首次对一种原猴亚目灵长类的ERV进行了全面表征，在Nycticebus coucang参考基因组中鉴定出15个懒猴内源性逆转录病毒（LERV）家族，包含34个亚家族和超过6,000个插入位点。系统发育分析将LERV划分为三个逆转录病毒属：β逆转录病毒（LERV1至4）、D型β逆转录病毒（LERV5至9）以及γ逆转录病毒（LERV10至15）。LERV2a表现出近期或可能仍在进行中的逆转座活动的多种特征，包括插入年龄中位数为零、具有高比例的完全相同LTR配对、与活性逆转录病毒HTLV相当的dN/dS比值，以及两个同种基因组之间存在插入多态性。对Lorisidae科内不同物种开展的比较基因组筛查显示，LERV亚家族的分布总体上与估算的插入年龄相一致，在亲缘关系更远的物种中检测到的亚家族数量逐步减少。这些发现为理解原猴亚目中的逆转录病毒进化奠定了详细基础，并揭示持续性的逆转录病毒活性并不局限于简鼻亚目灵长类。

内源性逆转录病毒（ERV）构成了脊椎动物基因组中的重要组成部分，既作为过往逆转录病毒感染的基因组记录而存在，也通过调控性挪用，以及在某些情况下持续发生的逆转座作用，影响宿主生物学。尽管对简鼻亚目灵长类中的ERV已进行了广泛研究，但在原猴亚目中的同类分析仍然缺失，这使我们对整个灵长目中ERV多样性及其进化动态的理解存在显著空白。在此，我们首次对一种原猴亚目灵长类中的ERV进行了全面表征，在Nycticebus coucang参考基因组中鉴定出15个懒猴内源性逆转录病毒（LERV）家族，涵盖34个亚家族和超过6,000个插入位点。系统发育分析将LERV划分为三个逆转录病毒属：β逆转录病毒（LERV1至4）、D型β逆转录病毒（LERV5至9）以及γ逆转录病毒（LERV10至15）。LERV2a显示出多个近期或可能仍在持续发生逆转座作用的标志，包括插入年龄中位数为零、具有较高比例的完全相同LTR成对序列、与活性逆转录病毒HTLV相当的dN/dS比值，以及在两个同种基因组之间存在插入多态性。对Lorisidae科范围内的比较基因组筛查表明，LERV亚家族的分布总体上反映了其估算插入年龄：在亲缘关系更远的物种中，检测到的亚家族数量逐渐减少。这些发现为理解原猴亚目中的逆转录病毒进化奠定了详细基础，并揭示持续的逆转录病毒活性并非仅限于简鼻亚目灵长类。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734490v1?rss=1

🏷️ 内源性逆转录病毒 灵长类基因组 比较基因组学 系统发育分析 转座活性