OpenGerminal：Germinal抗体设计流程的开源实现

Germinal 是一种近期提出的用于抗体从头设计的计算流程，它将 AlphaFold-Multimer 幻觉设计与抗体语言模型引导相结合，以生成靶向表位的抗体。Germinal 通过在四种不同抗原上对每个靶标仅测试 43–101 个设计，即鉴定出亲和力处于纳摩尔至低微摩尔范围的结合分子，从而确立了其作为一种面向表位定向抗体设计的实用工具的地位，并且标准学术实验室即可使用。由于这一架构本身出现时间尚短，对其各个组成模块进行系统性替换与基准测试在很大程度上仍未得到探索，但这为检验其底层设计的稳健性提供了宝贵机会。我们提出 OpenGerminal，以由 OpenMM 8.5.1、FreeSASA、FASPR、Biopython 和 sc-rs v1.0.0 组成的完全开源技术栈替代 PyRosetta，并采用 AbLang1（ablang2 v0.2.1）作为唯一的抗体语言模型以取代 IgLM。在两个 VHH 靶标（PD-L1 和 IL-3）上的基准测试表明，OpenGerminal 实现了显著更高的共折叠通过率（PD-L1：33.7% 对 18.6%；IL-3：24.6% 对 8.0%），并且在被接受的设计中，Chai-1 结构置信度指标与原方法相当或更优，其代价是每条轨迹的计算时间适度增加（>=1.5 倍）。对多链靶标的支持也得到扩展，并已在官方胰岛素示例上验证可无错误运行。OpenGerminal 提供了 Germinal 架构内关于 IgLM 与 AbLang1 的首个系统性基准比较，而其完全开源的组件技术栈也拓宽了该流程可部署的应用场景范围。

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发布于 2026 年 6 月 29 日。 下载 PDF

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OpenGerminal：Germinal 抗体设计流程的开源实现

Bing Han，Sheng Li

bioRxiv 2026.06.25.734527； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734527

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Bing Han，Sheng Li

bioRxiv 2026.06.25.734527； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734527

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734527v1?rss=1

🏷️ 抗体从头设计 表位定向设计 抗体语言模型 AlphaFold-Multimer 开源计算流程 结构基准测试