有颌脊椎动物系统发育的基因组扭曲

重建进化模式需要理解物种之间的相互关系，然而，在生命之树的各个类群中，那些难以解析并难以进行时间校准的进化关系却十分常见。在此，我们通过基于1105个外显子位点构建有颌脊椎动物的系统发育树，探究时间与拓扑不确定性的动态特征；所采样的540个物种涵盖了有颌类的所有主要目及大多数科。我们观察到，在不同位点和DNA序列位点之间，对于大约起源于白垩纪—古近纪生物大灭绝时期的有颌脊椎动物各支系单系性的统计支持迅速下降。在这一时期发生辐射演化的多个彼此无关的有颌脊椎动物谱系中，包括鸟类、蛇类、有胎盘哺乳动物和棘鳍鱼类，其在快速连续分化过程中，系统发育信号都在不同程度上被打乱。 除了表明某些特定事件如何在系统发育上相距甚远的脊椎动物类群中、跨越相同位点改变系统发育信号之外，我们还展示了基因组进化速率如何影响我们推断脊椎动物进化时间尺度的能力。通过检验纳入分子进化速率极快和极慢的辐鳍鱼谱系会如何改变对脊椎动物进化时间尺度的推断，我们表明，辐鳍鱼最深层分化事件可能无法仅依靠序列数据以及有限化石记录所提供的校准信息而得到准确推断。这些结果揭示了进化树中拓扑结构与分歧时间不确定性背后所蕴含的大进化现实。

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发表于 2026年6月29日。

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《有颌类脊椎动物系统发育的基因组扭曲》

Chase Brownstein， Liandong Yang， Alex Dornburg， Thomas J Near

bioRxiv 2026.06.28.735080； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.28.735080

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Chase Brownstein， Liandong Yang， Alex Dornburg， Thomas J Near

bioRxiv 2026.06.28.735080； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.28.735080

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.28.735080v1?rss=1

🏷️ 系统发育 有颌脊椎动物 辐射演化 分歧时间估计 基因组进化速率