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Scalesia gordilloi 是加拉帕戈斯群岛圣克里斯托瓦尔岛特有的极度濒危物种，代表了 Scalesia 属适应性辐射中最独特且最脆弱的谱系之一。尽管该物种在进化上的独特性及其保护重要性十分突出，但此前尚无可用的基因组资源。在此，我们报告了 S. gordilloi 的首个高质量参考基因组，该基因组利用 Oxford Nanopore 长读长测序技术构建。通过 3 个 PromethION R10.4.1 流动池，我们获得了 80.5 Gb 的长读长数据（约 25X 覆盖度），从而组装出一个高度连续的 3.61 Gb 基因组，其仅由 549 个 contig 组成，N50 达到 106.6 Mb。BUSCO 完整度达到 98.6%，组装指标与其他高质量菊科基因组相当。重复序列注释显示，基因组的 76.2% 由散在重复元件构成，其中以 LTR 逆转座子为主。结构注释鉴定出 47,913 个高可信度蛋白编码基因，这与大型、高重复性菊科基因组的预期一致。该基因组为保护基因组学提供了关键基础，使得评估该物种的遗传多样性、近交水平和适应潜力成为可能。进一步而言，它也为 Scalesia 属适应性辐射的比较基因组学研究建立了框架，并支持未来保护和恢复加拉帕戈斯群岛最受威胁植物谱系之一的相关工作。
Scalesia gordilloi（菊科）的高连续性参考基因组：一种加拉帕戈斯群岛特有的极度濒危植物 | bioRxiv
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Scalesia gordilloi（菊科）的高连续性参考基因组：一种加拉帕戈斯群岛特有的极度濒危植物
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Scalesia gordilloi 是加拉帕戈斯群岛圣克里斯托瓦尔岛特有的一种极度濒危物种，代表了 Scalesia 属适应性辐射中最独特且最脆弱的谱系之一。尽管该物种具有显著的进化独特性和重要的保护价值，但此前尚无可用的基因组资源。在此，我们报告了 S. gordilloi 的首个高质量参考基因组，该基因组采用 Oxford Nanopore 长读长测序技术构建。通过 3 个 PromethION R10.4.1 流动池，我们获得了 80.5 Gb 的长读长数据（约 25X 覆盖度），从而构建出一个高度连续的 3.61 Gb 组装，共仅包含 549 个 contig，N50 达 106.6 Mb。BUSCO 完整性达到 98.6%，其组装指标可与其他高质量菊科基因组相媲美。重复序列注释显示，该基因组的 76.2% 由散在重复元件组成，其中以 LTR 逆转座子为主。结构注释共得到 47,913 个高置信度蛋白编码基因，这与大型、高重复性菊科基因组的预期相一致。该基因组为保护基因组学提供了关键基础，使得对该物种遗传多样性、近交和适应潜力的评估成为可能。它还为 Scalesia 辐射群的比较基因组学建立了框架，并支持未来保护和恢复加拉帕戈斯群岛最受威胁植物谱系之一的工作。
利益冲突声明
脚注
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1152989
已声明资助信息
Oxford Nanopore Technologies（英国），
https://ror.org/04hyfx005
，ORG.one
加拉帕戈斯科学中心
，N/A
基多圣弗朗西斯科大学，
https://ror.org/01r2c3v86
，COCIBA 资助
版权
本预印本的。
本文依据
CC-BY 4.0 国际许可协议
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发布于 2026 年 6 月 29 日。
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bioRxiv
2026.06.25.734018；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734018
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2026.06.25.734018；
doi：
https://doi.org/10.64898/2026.06.25.734018
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734018v1?rss=1
🏷️ 参考基因组 长读长测序 保护基因组学 植物基因组 适应性辐射 LTR逆转座子