用于位点特异性编码可切换内在荧光团-猝灭剂对以监测蛋白质动态的遗传密码子扩展

root 提交于 周二, 06/30/2026 - 02:47
在天然折叠结构中对蛋白质的多个位点进行精确修饰,为解答分子和细胞层面的生物学问题提供了独特机遇。在此,我们提出一种遗传密码子扩展策略,用于将由两种非天然氨基酸——丙啶酮丙氨酸(acridonylalanine, Acd)和甲基四嗪苯丙氨酸(methyltetrazinyl phenylalanine, Tet)——组成的荧光团-淬灭剂对,位点特异性地整合到在大肠杆菌中表达的蛋白质中。Acd/Tet这一组合无需翻译后标记,并且可通过Tet的生物正交反应或光化学反应关闭淬灭作用,从而便于开展内部对照实验。基于Stern-Volmer淬灭、荧光寿命测量以及“脯氨酸标尺”肽的机制研究,确定了淬灭作用的距离依赖性。作为概念验证,我们将该策略应用于研究:1)钙调蛋白(calmodulin),一种钙感应蛋白;2)RecA,细菌中的DNA损伤感应蛋白;以及3)LexA,一种转录抑制因子,其由RecA介导的激活调控细菌获得性抗生素耐药性。利用这些蛋白质,我们证明,Acd/Tet双重标记能够在分子层面揭示蛋白质动力学,实现高通量药物筛选,并推进蛋白质结构—功能关系研究工具的发展。

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Priyanda Giri, Venkatesh Yarra, Moriah Mathis, Christina Hurley, Chloe Jones, Olivier Ndogo Eteme, Zachary Hostetler, Richard B Cooley, Rahul Kohli, Ryan Mehl, E. James Petersson

doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734876

Priyanda Giri 1 宾夕法尼亚大学; 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方,其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY 4.0 国际许可协议 公开提供。

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发表于 2026 年 6 月 29 日。 下载 PDF 补充材料 电子邮件

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Priyanda Giri, Venkatesh Yarra, Moriah Mathis, Christina Hurley, Chloe Jones, Olivier Ndogo Eteme, Zachary Hostetler, Richard B Cooley, Rahul Kohli, Ryan Mehl, E. James Petersson

bioRxiv 2026.06.26.734876; doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734876

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Priyanda Giri, Venkatesh Yarra, Moriah Mathis, Christina Hurley, Chloe Jones, Olivier Ndogo Eteme, Zachary Hostetler, Richard B Cooley, Rahul Kohli, Ryan Mehl, E. James Petersson

bioRxiv 2026.06.26.734876; doi: https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734876


📄 原文链接:https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.26.734876v1?rss=1

🏷️ 遗传密码子扩展 非天然氨基酸 位点特异性标记 荧光淬灭探针 蛋白质动态监测