拖鞋龙虾（Thenus australiensis）雄性基因组组装草图揭示了XY性别决定系统及用于单性水产养殖的经验证诊断标记

扇虾（Thenus australiensis）正迅速成为一种具有高商业化水产养殖潜力的物种。由于雌性在性成熟后蜕皮频率较低，从而表现出更优的生长特性，因此开发单性繁育策略对于提升产业盈利能力具有重要意义。然而，基因组资源的匮乏以及早期性别鉴定工具的缺失，阻碍了这一方向的发展。本文报道了 T. australiensis 的首个雄性基因组草图组装，该组装结合了全基因组鸟枪法测序、DArT-seq 以及多组织转录组学数据构建而成。经校正后的组装大小为 0.913 Gbp，具有较高的功能完整性（BUSCO 为 93.0%），并提供了包含 30,100 个蛋白编码基因的可靠基因库。通过 k-mer 减法分析和群体水平的 DArT-seq 基因分型，我们提供了确凿证据表明 T. australiensis 采用 XX/XY 性别决定系统。关键的是，通过鉴定 neo-Y 位点内雄性特异的结构变异，我们开发了一种以雄性特有序列为靶标的诊断性 PCR 检测方法。该 171 bp 标记在野生捕获群体的表型性别鉴定中实现了 100% 的准确率。最终，这些基础性基因组资源与高度可靠的分子性别鉴定工具相结合，为早期性别分选、亲本管理以及单性扇虾商业化养殖的发展提供了必要的关键框架。

扇虾（Thenus australiensis）正迅速成为一种具有高商业化养殖潜力的物种。由于雌性在性成熟后蜕壳频率较低，表现出更优越的生长特性，因此开发单性别育种策略对于提高产业盈利能力具有重要意义。然而，基因组资源的匮乏以及早期性别鉴定工具的缺失，阻碍了这一方向的发展。本文报道了T. australiensis首个雄性基因组草图组装，该组装结合了全基因组鸟枪法测序、DArT-seq和多组织转录组学数据构建而成。经整理的组装长度为0.913 Gbp，具有较高的功能完整性（93.0% BUSCO），提供了包含30,100个蛋白编码基因的可靠基因库。通过k-mer减法分析和群体水平的DArT-seq基因分型，我们提供了确凿证据，证明T. australiensis采用XX/XY性别决定系统。关键的是，通过鉴定neo-Y位点中的雄性特异性结构变异，我们开发了一种以雄性特有序列为靶标的诊断性PCR检测方法。该171 bp标记在野外捕获群体的表型性别鉴定中实现了100%的准确率。最终，这些基础性基因组资源结合高度可靠的分子性别鉴定工具，为早期性别分选、亲本群管理以及单性别扇虾商业化养殖的发展提供了关键框架。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.24.734161v1?rss=1

🏷️ 基因组组装 性别决定系统 XY系统 分子标记 PCR性别鉴定 水产养殖