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研究动机：细菌携带大量抗病毒防御系统，而我们对此的认识正在迅速扩展。当前已经存在多种可用于鉴定这些系统的生物信息学工具。尽管这些工具功能强大，但它们在所使用的模型及返回的命名法方面可能存在差异，因此单一工具既可能遗漏某些注释，也可能与其他工具的结果不一致。 研究结果：本文描述了 Ptolemaea，这是一条用于整合多个工具中噬菌体防御注释的流程，其方法是对 PADLOC、DefenseFinder 和双向 BLAST 的结果进行协调统一。基于一组共同预测的蛋白质集合，Ptolemaea 可为每个基因组提供一份共识注释列表。该流程并非旨在优于或取代其组成工具；其目的在于最大限度地恢复基因组中的防御系统，并使工具间的分歧明确化且可解决。我们在 700 个完整基因组上展示了该流程的应用，这些基因组涵盖 ESKAPE 病原体和大肠杆菌，共恢复了 32,509 条防御注释，其中 50.6% 得到了多于一个注释来源的支持。 可获取性：Ptolemaea 流程可在 https://github.com/ecampbell50/Ptolemaea 免费获取。 补充信息：本分析中使用的基因组登录号见 S1，基因组获取脚本见 S2。汇总整理后的共识注释计数见 S3，而各物种的所有原始工具输出及人工整理决定见 S4–10。
Ptolemaea：细菌基因组中抗病毒防御系统的一致性、全面注释 | bioRxiv
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Ptolemaea：细菌基因组中抗病毒防御系统的一致性、全面注释
查看 ORCID 资料 Emmet B. T. Campbell ， 查看 ORCID 资料 Timofey Skvortsov ， 查看 ORCID 资料 Christopher J. Creevey
doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734901
Emmet B. T. Campbell 1 贝尔法斯特女王大学生物科学学院； 在 Google Scholar 上查找该作者 在 PubMed 上查找该作者 在持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC 4.0 国际许可协议 提供。
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发表于 2026 年 6 月 28 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件
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Ptolemaea：细菌基因组中抗病毒防御系统的一致性、全面注释
Emmet B. T. Campbell ， Timofey Skvortsov ， Christopher J. Creevey
bioRxiv 2026.06.26.734901； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734901
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Ptolemaea：细菌基因组中抗病毒防御系统的一致性、全面注释
Emmet B. T. Campbell ， Timofey Skvortsov ， Christopher J. Creevey
bioRxiv 2026.06.26.734901； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.26.734901
📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.26.734901v1?rss=1
🏷️ 细菌基因组 抗病毒防御系统 噬菌体防御注释 注释整合流程 共识注释 生物信息学工具