MassSpectrum分析器：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台

肽谱注释对于肽段鉴定和修饰定位至关重要。尽管许多现有工具提供了谱图注释功能，但它们往往缺乏足够的灵活性，难以对含有多种不稳定修饰的肽进行定制化谱图注释，或对碎裂方式偏离经典模式的肽进行准确鉴定。在这些情况下，用户引导的注释被广泛用于提高鉴定完整性，然而这类方法通常不整合肽段评分，因此难以评估相关注释在经验上的改进程度及其对下游假发现率估计的影响。 在此，我们提出一种交互式注释环境——“MassSpectrum Analyzer”，旨在通过支持用户定义的定制化与肽段评分相结合，简化修饰肽的探索与分析。以（2-氨基乙基）三甲基铵羧基衍生化肽和糖肽为案例研究，我们展示了 MassSpectrum Analyzer 快速探索修饰肽数据集并支持其评估的能力。通过能够直接评估用户引导选择对肽段评分的影响，我们表明，借助在搜索后以统计学上稳健的方式整合修饰碎裂信息，可以提高高度修饰肽的检出能力。类似地，通过允许比较不同谱图之间肽离子强度，我们表明可以对整体碎裂模式进行定量，从而分析只有在大规模评估谱图时才会显现的趋势。综合而言，MassSpectrum Analyzer 简化了可用于发表的高质量谱图的生成，并提供了一种评估已注释特征纳入后如何影响鉴定评分的方法。

MassSpectrum Analyzer：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台 | bioRxiv

跳转至主要内容 首页 关于 提交 提醒 / RSS 搜索此关键词 高级搜索 新结果

MassSpectrum Analyzer：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台

Kristian I Karlic， Nichollas E Scott

doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733873

Kristian I Karlic 1 墨尔持有人为作者/资助方，其已授予 bioRxiv 永久展示该预印本的许可。 本文依据 CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可协议公开提供。

返回顶部 上一项 下一项

发布于 2026 年 6 月 28 日。 下载 PDF 补充材料 数据/代码 电子邮件

感谢您有兴趣传播 bioRxiv 的内容。 您的电子邮件 * 您的姓名 * 发送至 * 输入多个地址时请分行填写，或用逗号分隔。

您将要通过电子邮件发送以下内容

MassSpectrum Analyzer：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台

邮件主题

（您的姓名）已从 bioRxiv 转发一个页面给您

邮件正文

（您的姓名）认为您可能希望查看 bioRxiv 网站上的这个页面。

您的个性化留言

验证码

此问题用于测试您是否为人工访问者，并防止自动垃圾信息提交。

分享

MassSpectrum Analyzer：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台

Kristian I Karlic， Nichollas E Scott bioRxiv 2026.06.22.733873； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733873

分享本文： 复制

引用工具

MassSpectrum Analyzer：一个用于蛋白质组学搜索参数优化与聚焦肽修饰重评分的交互式平台

Kristian I Karlic， Nichollas E Scott bioRxiv 2026.06.22.733873； doi： https://doi.org/10.64898/2026.06.22.733873

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.22.733873v1?rss=1

🏷️ 蛋白质组学 质谱分析 肽修饰 谱图注释 重评分 参数优化