内在启动子响应性决定了增强子介导的转录激活敏感性

增强子能够激活特定的目标启动子，但增强子—启动子之间内在的相容性是否促成了这种特异性，仍存在争议。近期采用不同报告基因检测方法的研究得出了相互矛盾的结论。 我们比较了六种报告基因检测设计，识别出会使相容性测量产生偏倚的混杂因素，并应用改进后的检测方法测试了25,000对增强子—启动子组合。不同启动子对增强子的响应性存在差异（激活幅度从超过100倍到1.1倍不等），而增强子则以相似的排序顺序激活所有启动子。启动子的输出随着增强子活性按幂律关系变化，其中指数在不同启动子之间存在差异。将这一指数纳入“活性—接触”（Activity-by-Contact）模型后，可提高对内源性增强子效应的预测能力，并解释为何某些活跃基因对远端扰动不敏感，以及为何增强子会“跳过”某些基因。响应性受核心启动子中转录因子基序的调控。 本研究确立了响应性作为一种内在启动子属性：在一个与广泛相容的增强子共存的调控环境中，这一属性使某些特定启动子能够被高度激活，而另一些启动子则保持不受影响。

增强子能够激活特定的目标启动子，但增强子—启动子之间的内在兼容性是否促成了这种特异性，仍存在争议。近期采用不同报告基因检测方法的研究得出了相互矛盾的结论。我们比较了六种报告基因检测设计，识别出会使兼容性测量产生偏倚的混杂因素，并应用改进后的检测方法测试了25,000个增强子—启动子配对。不同启动子对增强子的响应性存在差异（激活幅度从超过100倍到仅1.1倍不等），而增强子则以相似的排序顺序激活所有启动子。启动子的输出随增强子活性按幂律关系变化，其指数在不同启动子之间有所不同。将这一指数纳入“活性—接触”（Activity-by-Contact）模型后，可提高对内源性增强子效应的预测能力，并解释为何某些活跃基因对远端扰动不敏感，以及为何增强子会“跳过”某些基因。响应性受核心启动子中转录因子基序的调控。本研究确立了响应性是一种启动子的内在属性：它使某些特定启动子能够在广泛兼容的增强子环境中被强烈激活，而其他启动子则保持不受影响。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734173v1?rss=1

🏷️ 增强子-启动子互作 转录调控 核心启动子 报告基因检测 基因表达预测