BoltzProt-1：迈向兼具良好可开发性的高效从头结合蛋白设计

针对新型蛋白质靶点设计结合蛋白仍然是计算药物发现中的核心挑战。在此，我们介绍 BoltzProt-1，这是一条用于生成蛋白质结合物（包括纳米抗体）的流程，具有更高的命中率和更优的可开发性特征。其核心包括 BoltzGen 生成模型的一个改进迭代版本，以及一种新型蛋白质-蛋白质相互作用预测模型 BoltzPPI。以 BoltzPPI 取代 BoltzGen 的标准结构预测置信度指标来对纳米抗体（VHH）设计进行排序后，在 10 个新型靶点上的经确认结合物命中率从 3.3% 提高到 8.0%。在另外 10 个既往文献中使用过的靶点上进行评估时，BoltzProt-1 流程在 10 个靶点中的 7 个上获得了纳米抗体筛选命中，优于 Chai-2 此前报道的 10 个中的 6 个。最后，从稳定性、聚集、纯度、多特异性和疏水性等方面评估 BoltzProt-1 设计的纳米抗体的可开发性，结果显示其经确认结合物中有 58% 通过了全部标准，优于 BoltzGen（40%）和处于临床阶段的 VHH 对照（21%）。

针对新型蛋白质靶点设计结合分子仍然是计算药物发现中的核心挑战。在此，我们提出了 BoltzProt-1，这是一条用于生成蛋白质结合分子（包括纳米抗体）且具有更高命中率和良好可开发性特征的流程。其核心由经过改进迭代的 BoltzGen 生成模型以及一种新型蛋白质—蛋白质相互作用预测模型 BoltzPPI 构成。与使用 BoltzGen 标准结构预测置信度指标对纳米抗体（VHH）设计进行排序相比，采用 BoltzPPI 可使 10 个新型靶点上的已确认结合分子命中率从 3.3% 提升至 8.0%。在另外 10 个既往文献中使用过的靶点上进行评估时，BoltzProt-1 流程在 10 个靶点中的 7 个上获得了纳米抗体筛选命中，优于 Chai-2 先前报道的 10 个靶点中的 6 个。最后，从稳定性、聚集、纯度、多特异性和疏水性等方面评估 BoltzProt-1 设计的纳米抗体的可开发性显示，其 58% 的已确认结合分子通过了所有标准，优于 BoltzGen（40%）和处于临床阶段的 VHH 对照（21%）。

📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.23.733997v1?rss=1

🏷️ 蛋白质设计 结合蛋白 纳米抗体 蛋白质-蛋白质相互作用 生成模型 可开发性评估