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疾病抗性的选择是水产养殖育种中最受关注的领域之一。瑞典的北极红点鲑育种计划已运行了40余年，使其成为全球该物种中历史最悠久的同类育种计划。然而，由于缺乏可用的基因组资源，先前无法针对任何疾病抗性性状开展选择。 本研究构建了一种72k Axiom SNP芯片，并利用其评估选育对细菌性肾病（BKD）具有抗性的北极红点鲑的潜力。BKD目前是该产业面临的主要威胁之一。在以BKD病原体——鲑分枝杆菌（Renibacterium salmoninarum）进行攻毒试验后，从约2,000尾北极红点鲑中采集了相关的表型替代指标。随后，利用新开发的72k SNP芯片对这些个体进行了基因分型。 估计方差组分的大小表明，北极红点鲑的BKD抗性具有育种改良潜力；根据所采用的抗性替代指标不同，相关遗传力介于0.05至0.56之间。此外，全基因组关联分析（GWAS）表明，BKD抗性是一种多基因性状。进一步地，基因组预测方法表明，可以利用SNP基因型鉴定具有BKD抗性的个体。当将BKD抗性作为连续性状进行分析时，以皮尔逊相关系数表示的预测准确性范围为0.42至0.52。在将BKD抗性视为二元性状的情境下，采用ROC曲线评估基因组预测效率，其曲线下面积为0.72。 最后，未发现其与生长性状之间存在不利相关。所开发的72k SNP芯片有望成为瑞典北极红点鲑育种计划中的关键工具。此外，我们的数据支持在培育BKD抗性北极红点鲑时应用基因组预测。作为下一项关键步骤，还需在实际产业条件下开展进一步验证。
疾病抗性的选择育种是水产养殖育种中最受关注的领域之一。瑞典的北极红点鲑育种计划已运行超过40年，使其成为全球该物种历史最悠久的此类育种项目。然而，由于缺乏可用的基因组资源，先前无法针对任何疾病抗性性状开展选择育种。本研究构建了一种72k Axiom SNP芯片，并利用其评估筛选对细菌性肾病（BKD）具有抗性的红点鲑的潜力；BKD目前是该产业面临的主要威胁之一。在以BKD病原体——鲑肾杆菌（Renibacterium salmoninarum）开展攻毒试验后，从约2,000尾红点鲑中收集了相关表型替代指标。随后，使用新的72k SNP芯片对这些个体进行了基因分型。估计方差组分的大小表明，红点鲑BKD抗性育种具有潜力；根据所采用的抗性替代指标不同，相关遗传力介于0.05至0.56之间。此外，全基因组关联分析（GWAS）表明，BKD抗性是一种多基因性状。进一步地，基因组预测方法表明，可利用SNP基因型鉴定BKD抗性个体。当将BKD抗性作为连续性状分析时，以皮尔逊相关系数表示的预测准确性范围为0.42至0.52。在将BKD抗性视为二元性状的情形下，采用ROC曲线评估基因组预测效率，其曲线下面积为0.72。最后，未发现其与生长性状之间存在不利相关。所开发的72k SNP芯片有望成为瑞典北极红点鲑育种计划中的关键工具。此外，我们的数据支持在培育BKD抗性北极红点鲑时应用基因组预测。作为下一项关键步骤，仍需在实际产业条件下开展进一步验证。
作者声明不存在竞争性利益。
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📄 原文链接：https://www.biorxiv.org/content/10.64898/2026.06.25.734482v1?rss=1
🏷️ 北极红点鲑 细菌性肾病 SNP芯片 全基因组关联分析 基因组预测 抗病育种